*** 6GHV_monomero ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403131446023063835.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403131446023063835.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403131446023063835.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 133
First residue number = 252
Last residue number = 384
Number of atoms found = 1094
Mean number per residue = 8.2
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -12.939472 +/- 7.709569 From: -31.229000 To: 6.743000
= -15.837108 +/- 6.908125 From: -31.762000 To: 1.894000
= 46.461052 +/- 9.953175 From: 18.385000 To: 68.392000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 7.5766 % Filled.
Pdbmat> 408183 non-zero elements.
Pdbmat> 44636 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 81.60 +/- 26.76
Maximum number = 139
Minimum number = 17
Pdbmat> Matrix trace = 892720.
Pdbmat> Larger element = 498.542
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
133 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403131446023063835.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403131446023063835.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403131446023063835.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1094 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 133 residues.
Blocpdb> 8 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 6 atoms in block 2
Block first atom: 9
Blocpdb> 10 atoms in block 3
Block first atom: 15
Blocpdb> 7 atoms in block 4
Block first atom: 25
Blocpdb> 6 atoms in block 5
Block first atom: 32
Blocpdb> 7 atoms in block 6
Block first atom: 38
Blocpdb> 14 atoms in block 7
Block first atom: 45
Blocpdb> 9 atoms in block 8
Block first atom: 59
Blocpdb> 14 atoms in block 9
Block first atom: 68
Blocpdb> 7 atoms in block 10
Block first atom: 82
Blocpdb> 11 atoms in block 11
Block first atom: 89
Blocpdb> 11 atoms in block 12
Block first atom: 100
Blocpdb> 9 atoms in block 13
Block first atom: 111
Blocpdb> 4 atoms in block 14
Block first atom: 120
Blocpdb> 8 atoms in block 15
Block first atom: 124
Blocpdb> 6 atoms in block 16
Block first atom: 132
Blocpdb> 12 atoms in block 17
Block first atom: 138
Blocpdb> 11 atoms in block 18
Block first atom: 150
Blocpdb> 8 atoms in block 19
Block first atom: 161
Blocpdb> 6 atoms in block 20
Block first atom: 169
Blocpdb> 13 atoms in block 21
Block first atom: 175
Blocpdb> 6 atoms in block 22
Block first atom: 188
Blocpdb> 9 atoms in block 23
Block first atom: 194
Blocpdb> 11 atoms in block 24
Block first atom: 203
Blocpdb> 8 atoms in block 25
Block first atom: 214
Blocpdb> 14 atoms in block 26
Block first atom: 222
Blocpdb> 10 atoms in block 27
Block first atom: 236
Blocpdb> 8 atoms in block 28
Block first atom: 246
Blocpdb> 6 atoms in block 29
Block first atom: 254
Blocpdb> 8 atoms in block 30
Block first atom: 260
Blocpdb> 7 atoms in block 31
Block first atom: 268
Blocpdb> 5 atoms in block 32
Block first atom: 275
Blocpdb> 6 atoms in block 33
Block first atom: 280
Blocpdb> 9 atoms in block 34
Block first atom: 286
Blocpdb> 9 atoms in block 35
Block first atom: 295
Blocpdb> 7 atoms in block 36
Block first atom: 304
Blocpdb> 4 atoms in block 37
Block first atom: 311
Blocpdb> 5 atoms in block 38
Block first atom: 315
Blocpdb> 9 atoms in block 39
Block first atom: 320
Blocpdb> 8 atoms in block 40
Block first atom: 329
Blocpdb> 7 atoms in block 41
Block first atom: 337
Blocpdb> 7 atoms in block 42
Block first atom: 344
Blocpdb> 8 atoms in block 43
Block first atom: 351
Blocpdb> 9 atoms in block 44
Block first atom: 359
Blocpdb> 6 atoms in block 45
Block first atom: 368
Blocpdb> 5 atoms in block 46
Block first atom: 374
Blocpdb> 15 atoms in block 47
Block first atom: 379
Blocpdb> 9 atoms in block 48
Block first atom: 394
Blocpdb> 9 atoms in block 49
Block first atom: 403
Blocpdb> 8 atoms in block 50
Block first atom: 412
Blocpdb> 11 atoms in block 51
Block first atom: 420
Blocpdb> 8 atoms in block 52
Block first atom: 431
Blocpdb> 9 atoms in block 53
Block first atom: 439
Blocpdb> 8 atoms in block 54
Block first atom: 448
Blocpdb> 9 atoms in block 55
Block first atom: 456
Blocpdb> 6 atoms in block 56
Block first atom: 465
Blocpdb> 6 atoms in block 57
Block first atom: 471
Blocpdb> 11 atoms in block 58
Block first atom: 477
Blocpdb> 6 atoms in block 59
Block first atom: 488
Blocpdb> 8 atoms in block 60
Block first atom: 494
Blocpdb> 11 atoms in block 61
Block first atom: 502
Blocpdb> 11 atoms in block 62
Block first atom: 513
Blocpdb> 7 atoms in block 63
Block first atom: 524
Blocpdb> 14 atoms in block 64
Block first atom: 531
Blocpdb> 8 atoms in block 65
Block first atom: 545
Blocpdb> 4 atoms in block 66
Block first atom: 553
Blocpdb> 8 atoms in block 67
Block first atom: 557
Blocpdb> 6 atoms in block 68
Block first atom: 565
Blocpdb> 8 atoms in block 69
Block first atom: 571
Blocpdb> 8 atoms in block 70
Block first atom: 579
Blocpdb> 13 atoms in block 71
Block first atom: 587
Blocpdb> 9 atoms in block 72
Block first atom: 600
Blocpdb> 9 atoms in block 73
Block first atom: 609
Blocpdb> 4 atoms in block 74
Block first atom: 618
Blocpdb> 7 atoms in block 75
Block first atom: 622
Blocpdb> 14 atoms in block 76
Block first atom: 629
Blocpdb> 9 atoms in block 77
Block first atom: 643
Blocpdb> 14 atoms in block 78
Block first atom: 652
Blocpdb> 7 atoms in block 79
Block first atom: 666
Blocpdb> 8 atoms in block 80
Block first atom: 673
Blocpdb> 4 atoms in block 81
Block first atom: 681
Blocpdb> 6 atoms in block 82
Block first atom: 685
Blocpdb> 7 atoms in block 83
Block first atom: 691
Blocpdb> 8 atoms in block 84
Block first atom: 698
Blocpdb> 8 atoms in block 85
Block first atom: 706
Blocpdb> 7 atoms in block 86
Block first atom: 714
Blocpdb> 6 atoms in block 87
Block first atom: 721
Blocpdb> 11 atoms in block 88
Block first atom: 727
Blocpdb> 9 atoms in block 89
Block first atom: 738
Blocpdb> 9 atoms in block 90
Block first atom: 747
Blocpdb> 12 atoms in block 91
Block first atom: 756
Blocpdb> 14 atoms in block 92
Block first atom: 768
Blocpdb> 8 atoms in block 93
Block first atom: 782
Blocpdb> 11 atoms in block 94
Block first atom: 790
Blocpdb> 4 atoms in block 95
Block first atom: 801
Blocpdb> 9 atoms in block 96
Block first atom: 805
Blocpdb> 7 atoms in block 97
Block first atom: 814
Blocpdb> 8 atoms in block 98
Block first atom: 821
Blocpdb> 8 atoms in block 99
Block first atom: 829
Blocpdb> 7 atoms in block 100
Block first atom: 837
Blocpdb> 4 atoms in block 101
Block first atom: 844
Blocpdb> 9 atoms in block 102
Block first atom: 848
Blocpdb> 9 atoms in block 103
Block first atom: 857
Blocpdb> 8 atoms in block 104
Block first atom: 866
Blocpdb> 6 atoms in block 105
Block first atom: 874
Blocpdb> 5 atoms in block 106
Block first atom: 880
Blocpdb> 9 atoms in block 107
Block first atom: 885
Blocpdb> 11 atoms in block 108
Block first atom: 894
Blocpdb> 6 atoms in block 109
Block first atom: 905
Blocpdb> 4 atoms in block 110
Block first atom: 911
Blocpdb> 8 atoms in block 111
Block first atom: 915
Blocpdb> 4 atoms in block 112
Block first atom: 923
Blocpdb> 14 atoms in block 113
Block first atom: 927
Blocpdb> 8 atoms in block 114
Block first atom: 941
Blocpdb> 8 atoms in block 115
Block first atom: 949
Blocpdb> 8 atoms in block 116
Block first atom: 957
Blocpdb> 9 atoms in block 117
Block first atom: 965
Blocpdb> 6 atoms in block 118
Block first atom: 974
Blocpdb> 8 atoms in block 119
Block first atom: 980
Blocpdb> 8 atoms in block 120
Block first atom: 988
Blocpdb> 5 atoms in block 121
Block first atom: 996
Blocpdb> 9 atoms in block 122
Block first atom: 1001
Blocpdb> 11 atoms in block 123
Block first atom: 1010
Blocpdb> 14 atoms in block 124
Block first atom: 1021
Blocpdb> 8 atoms in block 125
Block first atom: 1035
Blocpdb> 6 atoms in block 126
Block first atom: 1043
Blocpdb> 9 atoms in block 127
Block first atom: 1049
Blocpdb> 9 atoms in block 128
Block first atom: 1058
Blocpdb> 6 atoms in block 129
Block first atom: 1067
Blocpdb> 5 atoms in block 130
Block first atom: 1073
Blocpdb> 5 atoms in block 131
Block first atom: 1078
Blocpdb> 6 atoms in block 132
Block first atom: 1083
Blocpdb> 6 atoms in block 133
Block first atom: 1088
Blocpdb> 133 blocks.
Blocpdb> At most, 15 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 408316 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 3282
Prepmat> Matrix trace = 892720.0000
Prepmat> Last element read: 3282 3282 186.5298
Prepmat> 8912 lines saved.
Prepmat> 7285 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1094
RTB> Total mass = 1094.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1094
RTB> Number of blocks = 133
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 197108.4502
RTB> 56541 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 798
Diagstd> Nb of non-zero elements: 56541
Diagstd> Projected matrix trace = 197108.4502
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 798 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 197108.4502
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.5806439 3.1272013 3.4768688 4.5708137
6.2831302 8.9252683 10.1807305 11.4369975 13.6412680
13.9379300 15.4865577 16.5348357 18.7032916 19.6007893
20.9094220 22.0053359 22.9845963 24.0256035 24.4562281
25.7894455 26.8924624 27.7964795 28.1441865 28.8896605
29.3359144 30.8970192 31.8539098 32.7429552 32.8886196
34.5875992 35.9716405 36.5804349 37.3779811 38.1410247
39.3760281 39.9629678 40.4501517 42.0513393 43.6472836
45.1291451 45.5582084 46.4442330 46.9115517 47.7129849
49.8036337 50.5470171 51.3073496 53.6425340 54.3894273
55.4175829 55.6280691 56.3074093 57.1108064 59.1435599
59.9153393 60.1482653 61.7922485 62.3548416 63.6947628
65.0388390 65.9135920 66.4609611 67.0481060 67.9007361
68.7156815 69.2828232 69.7269374 70.7991600 71.6755818
72.5783900 73.3763580 74.8962155 74.9912753 75.7383967
77.1069239 78.6355242 78.8285945 79.5655975 80.0891863
81.5821460 82.1757198 82.6733906 83.5650331 83.7257076
84.3155318 84.8982580 86.4177168 86.8476990 88.4394870
88.6358800 89.8087739 91.2414192 92.2733028 92.6500989
93.7228218 94.0910911 95.1283493 95.6971530 96.3500920
97.8825309
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034334 0.0034335 0.0034335 0.0034339 0.0034342
0.0034351 136.5250368 192.0318196 202.4834037 232.1624832
272.1969847 324.4187312 346.4852498 367.2411111 401.0722839
405.4099657 427.3391946 441.5655891 469.6283468 480.7641337
496.5537826 509.4003994 520.6114555 532.2705445 537.0194533
551.4628777 563.1324645 572.5193610 576.0890634 583.6688281
588.1594717 603.6060332 612.8816993 621.3756310 622.7562620
638.6390777 651.2914881 656.7796870 663.9008128 670.6430970
681.4142845 686.4740849 690.6457723 704.1824486 717.4206784
729.4975428 732.9571716 740.0501955 743.7640445 750.0903420
766.3475889 772.0457673 777.8306829 795.3346855 800.8524772
808.3865333 809.9202786 814.8507194 820.6432972 835.1202429
840.5514311 842.1837038 853.6154747 857.4925794 866.6567871
875.7530737 881.6227127 885.2757929 889.1776486 894.8134872
900.1672522 903.8743631 906.7667261 913.7120087 919.3500282
925.1218645 930.1936195 939.7778762 940.3740796 945.0468395
953.5467035 962.9520750 964.1334969 968.6300642 971.8119185
980.8279716 984.3896499 987.3659699 992.6761210 993.6299959
997.1237760 1000.5635317 1009.4775715 1011.9858464 1021.2178271
1022.3510811 1029.0930944 1037.2687551 1043.1176964 1045.2453014
1051.2789249 1053.3423188 1059.1324169 1062.2941482 1065.9119890
1074.3551633
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1094
Rtb_to_modes> Number of blocs = 133
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9972E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9975E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9994E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.581
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.127
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.477
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.571
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.283
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.925
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.53
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.88
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 798 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999 0.99997 0.99999 1.00001 1.00002
1.00000 1.00002 1.00003 0.99998 0.99999
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0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999
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1.00001 1.00001 1.00001 1.00002 0.99997
0.99998 1.00001 0.99999 0.99997 0.99997
1.00001 0.99995 0.99999 1.00000 0.99996
1.00001 0.99997 1.00000 1.00000 1.00001
1.00002 0.99999 0.99998 1.00005 1.00002
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0.99998 1.00002 1.00003 1.00002 0.99999
1.00000 0.99998 0.99997 1.00000 1.00001
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
1.00001 0.99997 1.00002 0.99999 0.99999
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 19692 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
0.99999 0.99998 0.99999 1.00002 1.00006
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0.99998 1.00003 0.99999 1.00002 0.99999
0.99997 0.99999 0.99999 0.99998 0.99998
0.99999 0.99997 0.99999 1.00001 1.00002
1.00000 1.00002 1.00003 0.99998 0.99999
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0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999
1.00002 1.00003 1.00000 0.99998 1.00002
1.00001 1.00001 1.00001 1.00002 0.99997
0.99998 1.00001 0.99999 0.99997 0.99997
1.00001 0.99995 0.99999 1.00000 0.99996
1.00001 0.99997 1.00000 1.00000 1.00001
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0.99998 1.00002 1.00003 1.00002 0.99999
1.00000 0.99998 0.99997 1.00000 1.00001
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
1.00001 0.99997 1.00002 0.99999 0.99999
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403131446023063835.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403131446023063835.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403131446023063835.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403131446023063835.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 133
First residue number = 252
Last residue number = 384
Number of atoms found = 1094
Mean number per residue = 8.2
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9972E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9975E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9994E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.581
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.127
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.477
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.571
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.283
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.925
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.58
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.74
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.57
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.73
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.32
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.90
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.42
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.85
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.81
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.13
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.70
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.88
Bfactors> 106 vectors, 3282 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.581000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.775 for 136 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.045 +/- 0.12
Bfactors> = 29.375 +/- 6.06
Bfactors> Shiftng-fct= 29.330
Bfactors> Scaling-fct= 51.273
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403131446023063835 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
making animated gifs
11 models are in 2403131446023063835.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403131446023063835.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403131446023063835.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403131446023063835 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2403131446023063835.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-40
2403131446023063835.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2403131446023063835.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2403131446023063835.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
2403131446023063835.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
2403131446023063835.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403131446023063835.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
making animated gifs
11 models are in 2403131446023063835.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403131446023063835.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403131446023063835.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403131446023063835 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403131446023063835.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2403131446023063835.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
2403131446023063835.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
2403131446023063835.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2403131446023063835.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403131446023063835.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403131446023063835.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403131446023063835 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403131446023063835.eigenfacs
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2403131446023063835.eigenfacs
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2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403131446023063835.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
2403131446023063835.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2403131446023063835.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
making animated gifs
11 models are in 2403131446023063835.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403131446023063835.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403131446023063835.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403131446023063835 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403131446023063835.eigenfacs
2403131446023063835.atom
making animated gifs
11 models are in 2403131446023063835.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403131446023063835.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403131446023063835.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2403131446023063835.10.pdb
2403131446023063835.11.pdb
2403131446023063835.7.pdb
2403131446023063835.8.pdb
2403131446023063835.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m7.487s
user 0m7.483s
sys 0m0.004s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403131446023063835.Chkmod.res: No such file or directory
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