*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403151424283340124.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403151424283340124.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403151424283340124.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 557
First residue number = 1
Last residue number = 557
Number of atoms found = 4315
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 9.390563 +/- 12.075440 From: -22.618000 To: 37.378000
= 28.369753 +/- 14.008482 From: -8.051000 To: 59.427000
= -18.856213 +/- 12.009993 From: -47.494000 To: 12.077000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.1190 % Filled.
Pdbmat> 1775586 non-zero elements.
Pdbmat> 194444 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 90.12 +/- 23.82
Maximum number = 141
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 3.888880E+06
Pdbmat> Larger element = 543.985
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
557 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403151424283340124.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403151424283340124.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403151424283340124.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4315 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 557 residues.
Blocpdb> 20 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 20 atoms in block 2
Block first atom: 21
Blocpdb> 24 atoms in block 3
Block first atom: 41
Blocpdb> 27 atoms in block 4
Block first atom: 65
Blocpdb> 24 atoms in block 5
Block first atom: 92
Blocpdb> 24 atoms in block 6
Block first atom: 116
Blocpdb> 27 atoms in block 7
Block first atom: 140
Blocpdb> 24 atoms in block 8
Block first atom: 167
Blocpdb> 21 atoms in block 9
Block first atom: 191
Blocpdb> 18 atoms in block 10
Block first atom: 212
Blocpdb> 25 atoms in block 11
Block first atom: 230
Blocpdb> 27 atoms in block 12
Block first atom: 255
Blocpdb> 22 atoms in block 13
Block first atom: 282
Blocpdb> 24 atoms in block 14
Block first atom: 304
Blocpdb> 29 atoms in block 15
Block first atom: 328
Blocpdb> 19 atoms in block 16
Block first atom: 357
Blocpdb> 18 atoms in block 17
Block first atom: 376
Blocpdb> 27 atoms in block 18
Block first atom: 394
Blocpdb> 23 atoms in block 19
Block first atom: 421
Blocpdb> 23 atoms in block 20
Block first atom: 444
Blocpdb> 22 atoms in block 21
Block first atom: 467
Blocpdb> 18 atoms in block 22
Block first atom: 489
Blocpdb> 24 atoms in block 23
Block first atom: 507
Blocpdb> 26 atoms in block 24
Block first atom: 531
Blocpdb> 23 atoms in block 25
Block first atom: 557
Blocpdb> 23 atoms in block 26
Block first atom: 580
Blocpdb> 23 atoms in block 27
Block first atom: 603
Blocpdb> 25 atoms in block 28
Block first atom: 626
Blocpdb> 19 atoms in block 29
Block first atom: 651
Blocpdb> 21 atoms in block 30
Block first atom: 670
Blocpdb> 34 atoms in block 31
Block first atom: 691
Blocpdb> 22 atoms in block 32
Block first atom: 725
Blocpdb> 22 atoms in block 33
Block first atom: 747
Blocpdb> 23 atoms in block 34
Block first atom: 769
Blocpdb> 22 atoms in block 35
Block first atom: 792
Blocpdb> 17 atoms in block 36
Block first atom: 814
Blocpdb> 24 atoms in block 37
Block first atom: 831
Blocpdb> 21 atoms in block 38
Block first atom: 855
Blocpdb> 23 atoms in block 39
Block first atom: 876
Blocpdb> 19 atoms in block 40
Block first atom: 899
Blocpdb> 28 atoms in block 41
Block first atom: 918
Blocpdb> 31 atoms in block 42
Block first atom: 946
Blocpdb> 23 atoms in block 43
Block first atom: 977
Blocpdb> 23 atoms in block 44
Block first atom: 1000
Blocpdb> 32 atoms in block 45
Block first atom: 1023
Blocpdb> 26 atoms in block 46
Block first atom: 1055
Blocpdb> 22 atoms in block 47
Block first atom: 1081
Blocpdb> 25 atoms in block 48
Block first atom: 1103
Blocpdb> 19 atoms in block 49
Block first atom: 1128
Blocpdb> 16 atoms in block 50
Block first atom: 1147
Blocpdb> 25 atoms in block 51
Block first atom: 1163
Blocpdb> 19 atoms in block 52
Block first atom: 1188
Blocpdb> 19 atoms in block 53
Block first atom: 1207
Blocpdb> 27 atoms in block 54
Block first atom: 1226
Blocpdb> 23 atoms in block 55
Block first atom: 1253
Blocpdb> 22 atoms in block 56
Block first atom: 1276
Blocpdb> 21 atoms in block 57
Block first atom: 1298
Blocpdb> 32 atoms in block 58
Block first atom: 1319
Blocpdb> 24 atoms in block 59
Block first atom: 1351
Blocpdb> 22 atoms in block 60
Block first atom: 1375
Blocpdb> 24 atoms in block 61
Block first atom: 1397
Blocpdb> 24 atoms in block 62
Block first atom: 1421
Blocpdb> 18 atoms in block 63
Block first atom: 1445
Blocpdb> 23 atoms in block 64
Block first atom: 1463
Blocpdb> 22 atoms in block 65
Block first atom: 1486
Blocpdb> 26 atoms in block 66
Block first atom: 1508
Blocpdb> 19 atoms in block 67
Block first atom: 1534
Blocpdb> 24 atoms in block 68
Block first atom: 1553
Blocpdb> 23 atoms in block 69
Block first atom: 1577
Blocpdb> 17 atoms in block 70
Block first atom: 1600
Blocpdb> 26 atoms in block 71
Block first atom: 1617
Blocpdb> 22 atoms in block 72
Block first atom: 1643
Blocpdb> 22 atoms in block 73
Block first atom: 1665
Blocpdb> 26 atoms in block 74
Block first atom: 1687
Blocpdb> 29 atoms in block 75
Block first atom: 1713
Blocpdb> 27 atoms in block 76
Block first atom: 1742
Blocpdb> 21 atoms in block 77
Block first atom: 1769
Blocpdb> 24 atoms in block 78
Block first atom: 1790
Blocpdb> 30 atoms in block 79
Block first atom: 1814
Blocpdb> 21 atoms in block 80
Block first atom: 1844
Blocpdb> 25 atoms in block 81
Block first atom: 1865
Blocpdb> 22 atoms in block 82
Block first atom: 1890
Blocpdb> 21 atoms in block 83
Block first atom: 1912
Blocpdb> 21 atoms in block 84
Block first atom: 1933
Blocpdb> 21 atoms in block 85
Block first atom: 1954
Blocpdb> 21 atoms in block 86
Block first atom: 1975
Blocpdb> 22 atoms in block 87
Block first atom: 1996
Blocpdb> 25 atoms in block 88
Block first atom: 2018
Blocpdb> 19 atoms in block 89
Block first atom: 2043
Blocpdb> 24 atoms in block 90
Block first atom: 2062
Blocpdb> 27 atoms in block 91
Block first atom: 2086
Blocpdb> 24 atoms in block 92
Block first atom: 2113
Blocpdb> 22 atoms in block 93
Block first atom: 2137
Blocpdb> 18 atoms in block 94
Block first atom: 2159
Blocpdb> 34 atoms in block 95
Block first atom: 2177
Blocpdb> 26 atoms in block 96
Block first atom: 2211
Blocpdb> 22 atoms in block 97
Block first atom: 2237
Blocpdb> 16 atoms in block 98
Block first atom: 2259
Blocpdb> 18 atoms in block 99
Block first atom: 2275
Blocpdb> 21 atoms in block 100
Block first atom: 2293
Blocpdb> 27 atoms in block 101
Block first atom: 2314
Blocpdb> 17 atoms in block 102
Block first atom: 2341
Blocpdb> 29 atoms in block 103
Block first atom: 2358
Blocpdb> 21 atoms in block 104
Block first atom: 2387
Blocpdb> 16 atoms in block 105
Block first atom: 2408
Blocpdb> 18 atoms in block 106
Block first atom: 2424
Blocpdb> 24 atoms in block 107
Block first atom: 2442
Blocpdb> 18 atoms in block 108
Block first atom: 2466
Blocpdb> 22 atoms in block 109
Block first atom: 2484
Blocpdb> 24 atoms in block 110
Block first atom: 2506
Blocpdb> 24 atoms in block 111
Block first atom: 2530
Blocpdb> 23 atoms in block 112
Block first atom: 2554
Blocpdb> 23 atoms in block 113
Block first atom: 2577
Blocpdb> 23 atoms in block 114
Block first atom: 2600
Blocpdb> 22 atoms in block 115
Block first atom: 2623
Blocpdb> 18 atoms in block 116
Block first atom: 2645
Blocpdb> 25 atoms in block 117
Block first atom: 2663
Blocpdb> 26 atoms in block 118
Block first atom: 2688
Blocpdb> 23 atoms in block 119
Block first atom: 2714
Blocpdb> 22 atoms in block 120
Block first atom: 2737
Blocpdb> 23 atoms in block 121
Block first atom: 2759
Blocpdb> 18 atoms in block 122
Block first atom: 2782
Blocpdb> 26 atoms in block 123
Block first atom: 2800
Blocpdb> 30 atoms in block 124
Block first atom: 2826
Blocpdb> 19 atoms in block 125
Block first atom: 2856
Blocpdb> 19 atoms in block 126
Block first atom: 2875
Blocpdb> 24 atoms in block 127
Block first atom: 2894
Blocpdb> 29 atoms in block 128
Block first atom: 2918
Blocpdb> 21 atoms in block 129
Block first atom: 2947
Blocpdb> 27 atoms in block 130
Block first atom: 2968
Blocpdb> 24 atoms in block 131
Block first atom: 2995
Blocpdb> 21 atoms in block 132
Block first atom: 3019
Blocpdb> 25 atoms in block 133
Block first atom: 3040
Blocpdb> 24 atoms in block 134
Block first atom: 3065
Blocpdb> 24 atoms in block 135
Block first atom: 3089
Blocpdb> 19 atoms in block 136
Block first atom: 3113
Blocpdb> 22 atoms in block 137
Block first atom: 3132
Blocpdb> 32 atoms in block 138
Block first atom: 3154
Blocpdb> 30 atoms in block 139
Block first atom: 3186
Blocpdb> 25 atoms in block 140
Block first atom: 3216
Blocpdb> 16 atoms in block 141
Block first atom: 3241
Blocpdb> 25 atoms in block 142
Block first atom: 3257
Blocpdb> 25 atoms in block 143
Block first atom: 3282
Blocpdb> 25 atoms in block 144
Block first atom: 3307
Blocpdb> 22 atoms in block 145
Block first atom: 3332
Blocpdb> 29 atoms in block 146
Block first atom: 3354
Blocpdb> 27 atoms in block 147
Block first atom: 3383
Blocpdb> 21 atoms in block 148
Block first atom: 3410
Blocpdb> 24 atoms in block 149
Block first atom: 3431
Blocpdb> 18 atoms in block 150
Block first atom: 3455
Blocpdb> 23 atoms in block 151
Block first atom: 3473
Blocpdb> 28 atoms in block 152
Block first atom: 3496
Blocpdb> 26 atoms in block 153
Block first atom: 3524
Blocpdb> 24 atoms in block 154
Block first atom: 3550
Blocpdb> 17 atoms in block 155
Block first atom: 3574
Blocpdb> 18 atoms in block 156
Block first atom: 3591
Blocpdb> 20 atoms in block 157
Block first atom: 3609
Blocpdb> 29 atoms in block 158
Block first atom: 3629
Blocpdb> 22 atoms in block 159
Block first atom: 3658
Blocpdb> 23 atoms in block 160
Block first atom: 3680
Blocpdb> 20 atoms in block 161
Block first atom: 3703
Blocpdb> 28 atoms in block 162
Block first atom: 3723
Blocpdb> 24 atoms in block 163
Block first atom: 3751
Blocpdb> 24 atoms in block 164
Block first atom: 3775
Blocpdb> 19 atoms in block 165
Block first atom: 3799
Blocpdb> 27 atoms in block 166
Block first atom: 3818
Blocpdb> 27 atoms in block 167
Block first atom: 3845
Blocpdb> 23 atoms in block 168
Block first atom: 3872
Blocpdb> 31 atoms in block 169
Block first atom: 3895
Blocpdb> 14 atoms in block 170
Block first atom: 3926
Blocpdb> 19 atoms in block 171
Block first atom: 3940
Blocpdb> 27 atoms in block 172
Block first atom: 3959
Blocpdb> 25 atoms in block 173
Block first atom: 3986
Blocpdb> 24 atoms in block 174
Block first atom: 4011
Blocpdb> 20 atoms in block 175
Block first atom: 4035
Blocpdb> 21 atoms in block 176
Block first atom: 4055
Blocpdb> 18 atoms in block 177
Block first atom: 4076
Blocpdb> 24 atoms in block 178
Block first atom: 4094
Blocpdb> 27 atoms in block 179
Block first atom: 4118
Blocpdb> 19 atoms in block 180
Block first atom: 4145
Blocpdb> 36 atoms in block 181
Block first atom: 4164
Blocpdb> 33 atoms in block 182
Block first atom: 4200
Blocpdb> 22 atoms in block 183
Block first atom: 4233
Blocpdb> 28 atoms in block 184
Block first atom: 4255
Blocpdb> 20 atoms in block 185
Block first atom: 4283
Blocpdb> 13 atoms in block 186
Block first atom: 4302
Blocpdb> 186 blocks.
Blocpdb> At most, 36 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 13 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1775772 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 12945
Prepmat> Matrix trace = 3888880.0000
Prepmat> Last element read: 12945 12945 352.7410
Prepmat> 17392 lines saved.
Prepmat> 15304 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4315
RTB> Total mass = 4315.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4315
RTB> Number of blocks = 186
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 270514.9501
RTB> 72342 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1116
Diagstd> Nb of non-zero elements: 72342
Diagstd> Projected matrix trace = 270514.9501
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1116 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 270514.9501
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 4.1603501 5.7750021 6.0699146 7.6251671
8.4365275 8.9182780 10.6485743 11.2632162 12.6661925
12.8961807 13.8480219 14.1395753 14.5054487 15.5469584
16.3889846 16.8792902 17.7451776 18.3397883 18.9310569
19.2300649 20.3567425 21.0968375 21.7007774 21.8919364
23.5570554 24.4020611 24.7436894 25.4983074 25.8479307
26.3857688 26.9832987 28.6074089 28.9736294 29.8655954
30.5359188 30.8435773 31.8980917 32.3525999 33.0830757
33.1556811 33.7121069 34.6130112 35.6491409 36.0593020
36.4376930 37.6203261 37.7412302 38.3079966 38.7918161
39.0818397 40.7222482 41.1573408 41.7799033 42.4730558
42.7284216 43.4635016 44.0407542 44.5761348 44.8847972
45.1574805 46.1127350 46.8002851 47.3037209 47.5817148
48.4041935 49.2557872 50.0752100 50.6364469 51.0845656
51.4205854 52.5362254 52.8290937 53.1176196 53.6610758
54.3415583 55.5287201 56.1724302 56.6210064 57.2920168
58.1272194 58.5087853 58.9892794 59.6775593 60.5499567
61.4923872 62.2143560 62.5325976 62.5858227 63.3859530
63.9461691 64.1608588 64.8301421 65.0392383 66.0750228
66.7899766 66.9546449 67.6147984 67.7475159 68.4511063
68.7733114
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034313 0.0034328 0.0034332 0.0034339 0.0034342
0.0034349 221.4931093 260.9584439 267.5386753 299.8609858
315.4112239 324.2916626 354.3569970 364.4403802 386.4722560
389.9651838 404.1002795 408.3320443 413.5812720 428.1717390
439.6137871 446.1412407 457.4413876 465.0422798 472.4792182
476.1959038 489.9473600 498.7741748 505.8630126 508.0861651
527.0548108 536.4244134 540.1663275 548.3412991 552.0878261
557.8021153 564.0827260 580.8106107 584.5164400 593.4455381
600.0684266 603.0837842 613.3065905 617.6605642 624.5945917
625.2795957 630.5045541 638.8736434 648.3653754 652.0845918
655.4970119 666.0495793 667.1189947 672.1094475 676.3404096
678.8640018 692.9647663 696.6568857 701.9060655 707.7046262
709.8289458 715.9086934 720.6471177 725.0141526 727.5199612
729.7265230 737.4043940 742.8814769 746.8664177 749.0577905
755.5040112 762.1209714 768.4341730 772.7284327 776.1401186
778.6885500 787.0905778 789.2813856 791.4337791 795.4721291
800.4999778 809.1967167 813.8734606 817.1166735 821.9442007
827.9136717 830.6265740 834.0302943 838.8818664 844.9912246
851.5417720 856.5260687 858.7139440 859.0793169 864.5533388
868.3654708 869.8219533 874.3468846 875.7557618 882.7016554
887.4643696 888.5577021 892.9274193 893.8033292 898.4326289
900.5446451
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4315
Rtb_to_modes> Number of blocs = 186
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.42
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.66
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.34
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.29
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.75
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.77
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1116 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999 0.99999 1.00004 1.00001 1.00004
1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999
0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001
1.00001 1.00000 0.99996 0.99998 1.00001
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0.99999 1.00001 1.00002 0.99999 1.00000
1.00001 1.00002 1.00001 0.99999 1.00002
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99997
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1.00000 1.00001 1.00000 1.00003 0.99998
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0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999
0.99997
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 77670 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999
0.99999 0.99999 1.00004 1.00001 1.00004
1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999
0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001
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1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
0.99999 1.00001 1.00002 0.99999 1.00000
1.00001 1.00002 1.00001 0.99999 1.00002
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99997
0.99998 1.00003 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00003
0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 0.99998
1.00000 1.00001 1.00000 1.00003 0.99998
0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002
0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 1.00004
0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999
0.99997
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403151424283340124.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403151424283340124.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403151424283340124.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403151424283340124.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 557
First residue number = 1
Last residue number = 557
Number of atoms found = 4315
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9846E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9935E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.160
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.775
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.070
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.625
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.437
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.918
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.67
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.14
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.88
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.77
Bfactors> 106 vectors, 12945 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 4.160000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.013 +/- 0.01
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.013
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2403151424283340124.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403151424283340124.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2403151424283340124.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403151424283340124.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2403151424283340124.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2403151424283340124.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4312E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 221.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 299.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 324.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 354.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 386.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 408.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 457.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 465.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 540.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 548.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 580.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 625.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 630.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 648.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 655.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 666.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 667.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 672.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 715.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 720.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 725.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 727.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 729.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 737.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 749.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 755.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 768.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 778.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 789.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 791.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 795.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 809.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 813.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 817.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 821.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 827.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 830.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 834.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 838.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 845.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 851.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 856.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 858.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 859.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 864.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 868.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 874.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 875.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 882.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 887.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 888.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 893.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 898.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 900.5
Projmod> 106 vectors, 12945 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 557
First residue number = 1
Last residue number = 557
Number of atoms found = 4315
Mean number per residue = 7.7
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 0
First residue number = 0
Last residue number = 0
Number of atoms found = 0
Mean number per residue = NaN
%Rdatompdb-Er> No atom found in file.
%Rdatompdb-Er> No residue found in file.
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Wn> Different number of residues for the other conformer.
%Projmod-Er> Not enough of them.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151424283340124 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403151424283340124.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151424283340124.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151424283340124.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100
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MODEL 3 MODE=7 DQ=-60
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20
MODEL 6 MODE=7 DQ=0
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MODEL 8 MODE=7 DQ=40
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MODEL 10 MODE=7 DQ=80
MODEL 11 MODE=7 DQ=100
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151424283340124 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403151424283340124.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403151424283340124.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
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2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151424283340124.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151424283340124.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100
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MODEL 6 MODE=8 DQ=0
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MODEL 11 MODE=8 DQ=100
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151424283340124 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=0
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403151424283340124.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
2403151424283340124.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2403151424283340124.eigenfacs
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2403151424283340124.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
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2403151424283340124.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151424283340124.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151424283340124.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100
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MODEL 6 MODE=9 DQ=0
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MODEL 11 MODE=9 DQ=100
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151424283340124 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
2403151424283340124.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
making animated gifs
11 models are in 2403151424283340124.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151424283340124.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151424283340124.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80
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MODEL 4 MODE=10 DQ=-40
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MODEL 6 MODE=10 DQ=0
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MODEL 8 MODE=10 DQ=40
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MODEL 11 MODE=10 DQ=100
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151424283340124 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403151424283340124.eigenfacs
2403151424283340124.atom
making animated gifs
11 models are in 2403151424283340124.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151424283340124.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151424283340124.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20
MODEL 6 MODE=11 DQ=0
MODEL 7 MODE=11 DQ=20
MODEL 8 MODE=11 DQ=40
MODEL 9 MODE=11 DQ=60
MODEL 10 MODE=11 DQ=80
MODEL 11 MODE=11 DQ=100
2403151424283340124.10.pdb
2403151424283340124.11.pdb
2403151424283340124.7.pdb
2403151424283340124.8.pdb
2403151424283340124.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m25.125s
user 0m25.042s
sys 0m0.060s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403151424283340124.Chkmod.res: No such file or directory
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_INVALID_FLAG
pstopnm: Writing ppmraw format
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