*** Cll13 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403151705163353962.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403151705163353962.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403151705163353962.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 65
First residue number = 1
Last residue number = 65
Number of atoms found = 1036
Mean number per residue = 15.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 79.561008 +/- 5.511002 From: 66.431000 To: 91.658000
= 48.736391 +/- 7.252277 From: 31.421000 To: 64.108000
= 161.582546 +/- 6.976190 From: 143.643000 To: 177.028000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 13.3335 % Filled.
Pdbmat> 644194 non-zero elements.
Pdbmat> 70897 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 136.87 +/- 47.92
Maximum number = 252
Minimum number = 23
Pdbmat> Matrix trace = 1.417940E+06
Pdbmat> Larger element = 862.195
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
65 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403151705163353962.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403151705163353962.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403151705163353962.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1036 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 65 residues.
Blocpdb> 24 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 15 atoms in block 2
Block first atom: 25
Blocpdb> 7 atoms in block 3
Block first atom: 40
Blocpdb> 21 atoms in block 4
Block first atom: 47
Blocpdb> 19 atoms in block 5
Block first atom: 68
Blocpdb> 16 atoms in block 6
Block first atom: 87
Blocpdb> 12 atoms in block 7
Block first atom: 103
Blocpdb> 21 atoms in block 8
Block first atom: 115
Blocpdb> 17 atoms in block 9
Block first atom: 136
Blocpdb> 14 atoms in block 10
Block first atom: 153
Blocpdb> 7 atoms in block 11
Block first atom: 167
Blocpdb> 10 atoms in block 12
Block first atom: 174
Blocpdb> 22 atoms in block 13
Block first atom: 184
Blocpdb> 21 atoms in block 14
Block first atom: 206
Blocpdb> 14 atoms in block 15
Block first atom: 227
Blocpdb> 10 atoms in block 16
Block first atom: 241
Blocpdb> 10 atoms in block 17
Block first atom: 251
Blocpdb> 22 atoms in block 18
Block first atom: 261
Blocpdb> 19 atoms in block 19
Block first atom: 283
Blocpdb> 7 atoms in block 20
Block first atom: 302
Blocpdb> 12 atoms in block 21
Block first atom: 309
Blocpdb> 14 atoms in block 22
Block first atom: 321
Blocpdb> 12 atoms in block 23
Block first atom: 335
Blocpdb> 21 atoms in block 24
Block first atom: 347
Blocpdb> 10 atoms in block 25
Block first atom: 368
Blocpdb> 16 atoms in block 26
Block first atom: 378
Blocpdb> 24 atoms in block 27
Block first atom: 394
Blocpdb> 15 atoms in block 28
Block first atom: 418
Blocpdb> 10 atoms in block 29
Block first atom: 433
Blocpdb> 24 atoms in block 30
Block first atom: 443
Blocpdb> 19 atoms in block 31
Block first atom: 467
Blocpdb> 24 atoms in block 32
Block first atom: 486
Blocpdb> 21 atoms in block 33
Block first atom: 510
Blocpdb> 21 atoms in block 34
Block first atom: 531
Blocpdb> 17 atoms in block 35
Block first atom: 552
Blocpdb> 11 atoms in block 36
Block first atom: 569
Blocpdb> 10 atoms in block 37
Block first atom: 580
Blocpdb> 17 atoms in block 38
Block first atom: 590
Blocpdb> 7 atoms in block 39
Block first atom: 607
Blocpdb> 21 atoms in block 40
Block first atom: 614
Blocpdb> 10 atoms in block 41
Block first atom: 635
Blocpdb> 21 atoms in block 42
Block first atom: 645
Blocpdb> 10 atoms in block 43
Block first atom: 666
Blocpdb> 20 atoms in block 44
Block first atom: 676
Blocpdb> 10 atoms in block 45
Block first atom: 696
Blocpdb> 10 atoms in block 46
Block first atom: 706
Blocpdb> 24 atoms in block 47
Block first atom: 716
Blocpdb> 10 atoms in block 48
Block first atom: 740
Blocpdb> 14 atoms in block 49
Block first atom: 750
Blocpdb> 17 atoms in block 50
Block first atom: 764
Blocpdb> 19 atoms in block 51
Block first atom: 781
Blocpdb> 21 atoms in block 52
Block first atom: 800
Blocpdb> 15 atoms in block 53
Block first atom: 821
Blocpdb> 17 atoms in block 54
Block first atom: 836
Blocpdb> 10 atoms in block 55
Block first atom: 853
Blocpdb> 16 atoms in block 56
Block first atom: 863
Blocpdb> 16 atoms in block 57
Block first atom: 879
Blocpdb> 24 atoms in block 58
Block first atom: 895
Blocpdb> 14 atoms in block 59
Block first atom: 919
Blocpdb> 19 atoms in block 60
Block first atom: 933
Blocpdb> 14 atoms in block 61
Block first atom: 952
Blocpdb> 14 atoms in block 62
Block first atom: 966
Blocpdb> 22 atoms in block 63
Block first atom: 980
Blocpdb> 24 atoms in block 64
Block first atom: 1002
Blocpdb> 11 atoms in block 65
Block first atom: 1025
Blocpdb> 65 blocks.
Blocpdb> At most, 24 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 644259 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 3108
Prepmat> Matrix trace = 1417940.0000
Prepmat> Last element read: 3108 3108 466.5586
Prepmat> 2146 lines saved.
Prepmat> 1321 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1036
RTB> Total mass = 1036.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1036
RTB> Number of blocks = 65
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 165470.4222
RTB> 28689 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 390
Diagstd> Nb of non-zero elements: 28689
Diagstd> Projected matrix trace = 165470.4222
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 390 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 165470.4222
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 12.6866405 15.8883808 17.2653698 25.6026939
32.6315085 34.5766717 35.5273585 45.6629228 48.7094120
52.2410790 54.0930481 57.5756619 59.4122596 63.4069972
69.2969525 71.6039789 75.3119629 81.9865095 87.8319437
89.9856018 92.4192708 95.4771668 98.7630361 101.9765903
104.0251779 109.5457397 114.8463797 116.9316998 123.8631719
126.6690478 129.8012199 131.7669219 135.3530801 137.1749986
140.9831295 144.3013758 147.3746234 147.9153961 150.8829488
151.5162518 153.5835060 157.9452723 161.0457684 163.5773904
166.2518007 169.2263621 170.6009110 175.1294598 178.0854790
181.6534633 183.4861624 185.8650665 187.5390001 191.8898866
192.2373242 194.0221432 197.1269823 198.9029216 200.8827558
202.7808159 203.1201106 204.5479390 209.0857281 210.3894860
214.2190077 214.9925917 217.3803558 219.0331092 219.3243164
222.1796116 224.9049382 227.4962015 229.1032611 233.9640860
235.6728776 236.6530756 240.8998259 242.8176732 244.3376320
246.2222771 247.6335365 249.5761108 252.0375891 255.3138990
255.9249263 258.4499468 264.1630705 264.6854826 265.2762271
265.4977180 268.1009655 270.4720575 271.5443367 273.4364274
275.2939166 276.4846432 277.7317042 281.3126771 282.7705174
283.5331121
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034301 0.0034320 0.0034337 0.0034348 0.0034349
0.0034350 386.7840866 432.8476868 451.2146820 549.4625684
620.3172462 638.5381853 647.2569758 733.7990303 757.8822291
784.8765424 798.6674915 823.9763560 837.0151435 864.6968431
903.9665251 918.8907048 942.3826108 983.2557138 1017.7041070
1030.1057061 1043.9424293 1061.0724580 1079.1765415 1096.5931375
1107.5529902 1136.5617243 1163.7345683 1174.2522792 1208.5548869
1222.1669443 1237.1850609 1246.5177893 1263.3664855 1271.8408285
1289.3738371 1304.4592482 1318.2768767 1320.6932880 1333.8757031
1336.6721188 1345.7598553 1364.7358364 1378.0657505 1388.8550362
1400.1625559 1412.6328116 1418.3582960 1437.0599444 1449.1372987
1463.5822084 1470.9467094 1480.4514375 1487.1030981 1504.2545138
1505.6157067 1512.5889696 1524.6435367 1531.4959808 1539.0991879
1546.3532569 1547.6464022 1553.0764495 1570.2090461 1575.0969717
1589.3673308 1592.2344927 1601.0519647 1607.1268774 1608.1948703
1618.6292413 1628.5262973 1637.8810382 1643.6559483 1661.0009427
1667.0555919 1670.5187587 1685.4408796 1692.1366300 1697.4244774
1703.9582595 1708.8345265 1715.5239545 1723.9629918 1735.1319598
1737.2070121 1745.7558413 1764.9456341 1766.6899610 1768.6603765
1769.3985887 1778.0520463 1785.8973082 1789.4338772 1795.6573429
1801.7460871 1805.6384216 1809.7059314 1821.3354141 1826.0486483
1828.5092964
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1036
Rtb_to_modes> Number of blocs = 65
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9775E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9884E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9986E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 129.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 137.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 141.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 144.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 150.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 151.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 153.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 157.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 161.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 163.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 166.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 170.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 175.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 178.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 181.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 183.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 185.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 187.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 191.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 192.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 194.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 197.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 198.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 200.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 202.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 203.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 204.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 282.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 283.5
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 390 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00005 1.00002 0.99999 1.00002
1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 0.99998
0.99999 1.00002 0.99999 1.00003 1.00001
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0.99999 1.00002 0.99998 1.00007 0.99999
1.00005 1.00002 0.99999 1.00001 1.00002
0.99997 0.99999 0.99998 1.00002 1.00000
1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99998
0.99996 1.00000 0.99998 1.00005 0.99999
0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 0.99998
1.00000 1.00000 0.99997 0.99998 1.00003
1.00002 1.00000 0.99998 1.00000 0.99997
0.99997 0.99995 1.00003 1.00003 1.00003
1.00004 0.99998 0.99998 1.00005 0.99995
0.99998 0.99998 0.99999 1.00001 1.00002
1.00000 1.00001 0.99997 1.00001 1.00001
0.99998 1.00002 0.99999 1.00002 1.00001
1.00004 1.00002 1.00002 1.00000 0.99997
0.99997 0.99999 1.00003 1.00003 1.00000
1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000
0.99999 1.00003 1.00003 1.00003 1.00002
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 18648 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00005 1.00002 0.99999 1.00002
1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 0.99998
0.99999 1.00002 0.99999 1.00003 1.00001
0.99997 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000
0.99999 1.00002 0.99998 1.00007 0.99999
1.00005 1.00002 0.99999 1.00001 1.00002
0.99997 0.99999 0.99998 1.00002 1.00000
1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99998
0.99996 1.00000 0.99998 1.00005 0.99999
0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 0.99998
1.00000 1.00000 0.99997 0.99998 1.00003
1.00002 1.00000 0.99998 1.00000 0.99997
0.99997 0.99995 1.00003 1.00003 1.00003
1.00004 0.99998 0.99998 1.00005 0.99995
0.99998 0.99998 0.99999 1.00001 1.00002
1.00000 1.00001 0.99997 1.00001 1.00001
0.99998 1.00002 0.99999 1.00002 1.00001
1.00004 1.00002 1.00002 1.00000 0.99997
0.99997 0.99999 1.00003 1.00003 1.00000
1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000
0.99999 1.00003 1.00003 1.00003 1.00002
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403151705163353962.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403151705163353962.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403151705163353962.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403151705163353962.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 65
First residue number = 1
Last residue number = 65
Number of atoms found = 1036
Mean number per residue = 15.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9775E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9884E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9986E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 150.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 151.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 153.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 157.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 161.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 163.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 166.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 170.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 175.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 178.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 181.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 183.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 185.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 187.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 191.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 192.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 194.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 197.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 198.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 200.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 202.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 203.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 204.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 209.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 210.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 214.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 215.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 217.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 219.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 219.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 222.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 224.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 227.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 229.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 234.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 235.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 236.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 240.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 242.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 244.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 246.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 247.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 249.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 252.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 255.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 255.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 258.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 264.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 264.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 265.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 265.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 268.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 270.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 271.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 273.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 275.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 276.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 277.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 281.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 282.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 283.5
Bfactors> 106 vectors, 3108 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 12.690000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.590 for 65 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.008 +/- 0.01
Bfactors> = 38.629 +/- 8.90
Bfactors> Shiftng-fct= 38.621
Bfactors> Scaling-fct= 1228.069
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151705163353962 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403151705163353962.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403151705163353962.eigenfacs
2403151705163353962.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403151705163353962.eigenfacs
2403151705163353962.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403151705163353962.eigenfacs
2403151705163353962.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403151705163353962.eigenfacs
2403151705163353962.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403151705163353962.eigenfacs
2403151705163353962.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403151705163353962.eigenfacs
2403151705163353962.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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2403151705163353962.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403151705163353962.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
2403151705163353962.eigenfacs
2403151705163353962.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403151705163353962.eigenfacs
2403151705163353962.atom
making animated gifs
11 models are in 2403151705163353962.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151705163353962.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151705163353962.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151705163353962 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
11 models are in 2403151705163353962.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
11 models are in 2403151705163353962.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151705163353962 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151705163353962 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151705163353962.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151705163353962 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403151705163353962.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
2403151705163353962.eigenfacs
2403151705163353962.atom
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2403151705163353962.eigenfacs
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151705163353962.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151705163353962.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2403151705163353962.10.pdb
2403151705163353962.11.pdb
2403151705163353962.7.pdb
2403151705163353962.8.pdb
2403151705163353962.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m1.748s
user 0m1.724s
sys 0m0.024s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403151705163353962.Chkmod.res: No such file or directory
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