*** TRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM 05-JUL-18 6DZZ ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403211529024168498.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403211529024168498.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403211529024168498.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 768
First residue number = 78
Last residue number = 130
Number of atoms found = 6055
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -10.068000 +/- 17.389291 From: -56.014000 To: 30.362000
= 14.314300 +/- 13.493953 From: -24.851000 To: 53.039000
= 17.060329 +/- 23.853283 From: -30.801000 To: 65.948000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.3182 % Filled.
Pdbmat> 2174928 non-zero elements.
Pdbmat> 237657 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 78.50 +/- 20.67
Maximum number = 124
Minimum number = 14
Pdbmat> Matrix trace = 4.753140E+06
Pdbmat> Larger element = 482.692
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
768 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403211529024168498.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403211529024168498.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403211529024168498.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 6055 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 768 residues.
Blocpdb> 36 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 36 atoms in block 2
Block first atom: 37
Blocpdb> 34 atoms in block 3
Block first atom: 73
Blocpdb> 29 atoms in block 4
Block first atom: 107
Blocpdb> 28 atoms in block 5
Block first atom: 136
Blocpdb> 28 atoms in block 6
Block first atom: 164
Blocpdb> 43 atoms in block 7
Block first atom: 192
Blocpdb> 33 atoms in block 8
Block first atom: 235
Blocpdb> 33 atoms in block 9
Block first atom: 268
Blocpdb> 24 atoms in block 10
Block first atom: 301
Blocpdb> 35 atoms in block 11
Block first atom: 325
Blocpdb> 28 atoms in block 12
Block first atom: 360
Blocpdb> 27 atoms in block 13
Block first atom: 388
Blocpdb> 34 atoms in block 14
Block first atom: 415
Blocpdb> 37 atoms in block 15
Block first atom: 449
Blocpdb> 26 atoms in block 16
Block first atom: 486
Blocpdb> 41 atoms in block 17
Block first atom: 512
Blocpdb> 24 atoms in block 18
Block first atom: 553
Blocpdb> 42 atoms in block 19
Block first atom: 577
Blocpdb> 29 atoms in block 20
Block first atom: 619
Blocpdb> 32 atoms in block 21
Block first atom: 648
Blocpdb> 29 atoms in block 22
Block first atom: 680
Blocpdb> 27 atoms in block 23
Block first atom: 709
Blocpdb> 36 atoms in block 24
Block first atom: 736
Blocpdb> 38 atoms in block 25
Block first atom: 772
Blocpdb> 28 atoms in block 26
Block first atom: 810
Blocpdb> 39 atoms in block 27
Block first atom: 838
Blocpdb> 34 atoms in block 28
Block first atom: 877
Blocpdb> 32 atoms in block 29
Block first atom: 911
Blocpdb> 38 atoms in block 30
Block first atom: 943
Blocpdb> 28 atoms in block 31
Block first atom: 981
Blocpdb> 36 atoms in block 32
Block first atom: 1009
Blocpdb> 25 atoms in block 33
Block first atom: 1045
Blocpdb> 38 atoms in block 34
Block first atom: 1070
Blocpdb> 31 atoms in block 35
Block first atom: 1108
Blocpdb> 36 atoms in block 36
Block first atom: 1139
Blocpdb> 31 atoms in block 37
Block first atom: 1175
Blocpdb> 27 atoms in block 38
Block first atom: 1206
Blocpdb> 39 atoms in block 39
Block first atom: 1233
Blocpdb> 36 atoms in block 40
Block first atom: 1272
Blocpdb> 38 atoms in block 41
Block first atom: 1308
Blocpdb> 27 atoms in block 42
Block first atom: 1346
Blocpdb> 29 atoms in block 43
Block first atom: 1373
Blocpdb> 32 atoms in block 44
Block first atom: 1402
Blocpdb> 30 atoms in block 45
Block first atom: 1434
Blocpdb> 30 atoms in block 46
Block first atom: 1464
Blocpdb> 33 atoms in block 47
Block first atom: 1494
Blocpdb> 37 atoms in block 48
Block first atom: 1527
Blocpdb> 35 atoms in block 49
Block first atom: 1564
Blocpdb> 29 atoms in block 50
Block first atom: 1599
Blocpdb> 27 atoms in block 51
Block first atom: 1628
Blocpdb> 33 atoms in block 52
Block first atom: 1655
Blocpdb> 37 atoms in block 53
Block first atom: 1688
Blocpdb> 30 atoms in block 54
Block first atom: 1725
Blocpdb> 30 atoms in block 55
Block first atom: 1755
Blocpdb> 27 atoms in block 56
Block first atom: 1785
Blocpdb> 24 atoms in block 57
Block first atom: 1812
Blocpdb> 36 atoms in block 58
Block first atom: 1836
Blocpdb> 39 atoms in block 59
Block first atom: 1872
Blocpdb> 38 atoms in block 60
Block first atom: 1911
Blocpdb> 34 atoms in block 61
Block first atom: 1949
Blocpdb> 27 atoms in block 62
Block first atom: 1983
Blocpdb> 35 atoms in block 63
Block first atom: 2010
Blocpdb> 27 atoms in block 64
Block first atom: 2045
Blocpdb> 36 atoms in block 65
Block first atom: 2072
Blocpdb> 26 atoms in block 66
Block first atom: 2108
Blocpdb> 27 atoms in block 67
Block first atom: 2134
Blocpdb> 27 atoms in block 68
Block first atom: 2161
Blocpdb> 40 atoms in block 69
Block first atom: 2188
Blocpdb> 30 atoms in block 70
Block first atom: 2228
Blocpdb> 34 atoms in block 71
Block first atom: 2258
Blocpdb> 28 atoms in block 72
Block first atom: 2292
Blocpdb> 28 atoms in block 73
Block first atom: 2320
Blocpdb> 32 atoms in block 74
Block first atom: 2348
Blocpdb> 28 atoms in block 75
Block first atom: 2380
Blocpdb> 33 atoms in block 76
Block first atom: 2408
Blocpdb> 31 atoms in block 77
Block first atom: 2441
Blocpdb> 30 atoms in block 78
Block first atom: 2472
Blocpdb> 36 atoms in block 79
Block first atom: 2502
Blocpdb> 29 atoms in block 80
Block first atom: 2538
Blocpdb> 27 atoms in block 81
Block first atom: 2567
Blocpdb> 25 atoms in block 82
Block first atom: 2594
Blocpdb> 34 atoms in block 83
Block first atom: 2619
Blocpdb> 31 atoms in block 84
Block first atom: 2653
Blocpdb> 29 atoms in block 85
Block first atom: 2684
Blocpdb> 25 atoms in block 86
Block first atom: 2713
Blocpdb> 35 atoms in block 87
Block first atom: 2738
Blocpdb> 38 atoms in block 88
Block first atom: 2773
Blocpdb> 31 atoms in block 89
Block first atom: 2811
Blocpdb> 28 atoms in block 90
Block first atom: 2842
Blocpdb> 29 atoms in block 91
Block first atom: 2870
Blocpdb> 25 atoms in block 92
Block first atom: 2899
Blocpdb> 27 atoms in block 93
Block first atom: 2924
Blocpdb> 32 atoms in block 94
Block first atom: 2951
Blocpdb> 35 atoms in block 95
Block first atom: 2983
Blocpdb> 39 atoms in block 96
Block first atom: 3018
Blocpdb> 42 atoms in block 97
Block first atom: 3057
Blocpdb> 27 atoms in block 98
Block first atom: 3099
Blocpdb> 28 atoms in block 99
Block first atom: 3126
Blocpdb> 32 atoms in block 100
Block first atom: 3154
Blocpdb> 30 atoms in block 101
Block first atom: 3186
Blocpdb> 26 atoms in block 102
Block first atom: 3216
Blocpdb> 31 atoms in block 103
Block first atom: 3242
Blocpdb> 34 atoms in block 104
Block first atom: 3273
Blocpdb> 33 atoms in block 105
Block first atom: 3307
Blocpdb> 23 atoms in block 106
Block first atom: 3340
Blocpdb> 27 atoms in block 107
Block first atom: 3363
Blocpdb> 30 atoms in block 108
Block first atom: 3390
Blocpdb> 25 atoms in block 109
Block first atom: 3420
Blocpdb> 41 atoms in block 110
Block first atom: 3445
Blocpdb> 35 atoms in block 111
Block first atom: 3486
Blocpdb> 32 atoms in block 112
Block first atom: 3521
Blocpdb> 34 atoms in block 113
Block first atom: 3553
Blocpdb> 28 atoms in block 114
Block first atom: 3587
Blocpdb> 43 atoms in block 115
Block first atom: 3615
Blocpdb> 39 atoms in block 116
Block first atom: 3658
Blocpdb> 26 atoms in block 117
Block first atom: 3697
Blocpdb> 34 atoms in block 118
Block first atom: 3723
Blocpdb> 35 atoms in block 119
Block first atom: 3757
Blocpdb> 31 atoms in block 120
Block first atom: 3792
Blocpdb> 28 atoms in block 121
Block first atom: 3823
Blocpdb> 36 atoms in block 122
Block first atom: 3851
Blocpdb> 40 atoms in block 123
Block first atom: 3887
Blocpdb> 45 atoms in block 124
Block first atom: 3927
Blocpdb> 30 atoms in block 125
Block first atom: 3972
Blocpdb> 30 atoms in block 126
Block first atom: 4002
Blocpdb> 23 atoms in block 127
Block first atom: 4032
Blocpdb> 33 atoms in block 128
Block first atom: 4055
Blocpdb> 34 atoms in block 129
Block first atom: 4088
Blocpdb> 36 atoms in block 130
Block first atom: 4122
Blocpdb> 30 atoms in block 131
Block first atom: 4158
Blocpdb> 31 atoms in block 132
Block first atom: 4188
Blocpdb> 36 atoms in block 133
Block first atom: 4219
Blocpdb> 30 atoms in block 134
Block first atom: 4255
Blocpdb> 30 atoms in block 135
Block first atom: 4285
Blocpdb> 33 atoms in block 136
Block first atom: 4315
Blocpdb> 28 atoms in block 137
Block first atom: 4348
Blocpdb> 31 atoms in block 138
Block first atom: 4376
Blocpdb> 26 atoms in block 139
Block first atom: 4407
Blocpdb> 32 atoms in block 140
Block first atom: 4433
Blocpdb> 26 atoms in block 141
Block first atom: 4465
Blocpdb> 33 atoms in block 142
Block first atom: 4491
Blocpdb> 35 atoms in block 143
Block first atom: 4524
Blocpdb> 44 atoms in block 144
Block first atom: 4559
Blocpdb> 36 atoms in block 145
Block first atom: 4603
Blocpdb> 24 atoms in block 146
Block first atom: 4639
Blocpdb> 39 atoms in block 147
Block first atom: 4663
Blocpdb> 35 atoms in block 148
Block first atom: 4702
Blocpdb> 23 atoms in block 149
Block first atom: 4737
Blocpdb> 36 atoms in block 150
Block first atom: 4760
Blocpdb> 30 atoms in block 151
Block first atom: 4796
Blocpdb> 27 atoms in block 152
Block first atom: 4826
Blocpdb> 27 atoms in block 153
Block first atom: 4853
Blocpdb> 29 atoms in block 154
Block first atom: 4880
Blocpdb> 32 atoms in block 155
Block first atom: 4909
Blocpdb> 31 atoms in block 156
Block first atom: 4941
Blocpdb> 27 atoms in block 157
Block first atom: 4972
Blocpdb> 28 atoms in block 158
Block first atom: 4999
Blocpdb> 36 atoms in block 159
Block first atom: 5027
Blocpdb> 27 atoms in block 160
Block first atom: 5063
Blocpdb> 31 atoms in block 161
Block first atom: 5090
Blocpdb> 28 atoms in block 162
Block first atom: 5121
Blocpdb> 38 atoms in block 163
Block first atom: 5149
Blocpdb> 26 atoms in block 164
Block first atom: 5187
Blocpdb> 14 atoms in block 165
Block first atom: 5213
Blocpdb> 31 atoms in block 166
Block first atom: 5227
Blocpdb> 29 atoms in block 167
Block first atom: 5258
Blocpdb> 24 atoms in block 168
Block first atom: 5287
Blocpdb> 25 atoms in block 169
Block first atom: 5311
Blocpdb> 32 atoms in block 170
Block first atom: 5336
Blocpdb> 31 atoms in block 171
Block first atom: 5368
Blocpdb> 26 atoms in block 172
Block first atom: 5399
Blocpdb> 35 atoms in block 173
Block first atom: 5425
Blocpdb> 29 atoms in block 174
Block first atom: 5460
Blocpdb> 41 atoms in block 175
Block first atom: 5489
Blocpdb> 34 atoms in block 176
Block first atom: 5530
Blocpdb> 27 atoms in block 177
Block first atom: 5564
Blocpdb> 33 atoms in block 178
Block first atom: 5591
Blocpdb> 28 atoms in block 179
Block first atom: 5624
Blocpdb> 27 atoms in block 180
Block first atom: 5652
Blocpdb> 23 atoms in block 181
Block first atom: 5679
Blocpdb> 32 atoms in block 182
Block first atom: 5702
Blocpdb> 20 atoms in block 183
Block first atom: 5734
Blocpdb> 36 atoms in block 184
Block first atom: 5754
Blocpdb> 34 atoms in block 185
Block first atom: 5790
Blocpdb> 33 atoms in block 186
Block first atom: 5824
Blocpdb> 28 atoms in block 187
Block first atom: 5857
Blocpdb> 36 atoms in block 188
Block first atom: 5885
Blocpdb> 34 atoms in block 189
Block first atom: 5921
Blocpdb> 31 atoms in block 190
Block first atom: 5955
Blocpdb> 26 atoms in block 191
Block first atom: 5986
Blocpdb> 27 atoms in block 192
Block first atom: 6012
Blocpdb> 17 atoms in block 193
Block first atom: 6038
Blocpdb> 193 blocks.
Blocpdb> At most, 45 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2175121 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 18165
Prepmat> Matrix trace = 4753140.0000
Prepmat> Last element read: 18165 18165 120.9329
Prepmat> 18722 lines saved.
Prepmat> 17003 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 6055
RTB> Total mass = 6055.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 6055
RTB> Number of blocks = 193
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 219408.2326
RTB> 58953 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1158
Diagstd> Nb of non-zero elements: 58953
Diagstd> Projected matrix trace = 219408.2326
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1158 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 219408.2326
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.3585427 0.4197417 0.5831359 0.6211101
1.4086597 1.8205499 2.0201988 2.6472408 2.7357490
3.2468527 3.4061424 3.6715131 4.3319057 4.4587854
5.2577227 5.7760920 6.2066517 6.2559550 6.7476238
6.9303865 7.7650850 7.9994560 8.7405323 9.0461373
9.9685531 10.1190164 10.9276042 11.1802904 11.6240696
12.0842259 12.5470018 13.2712010 13.8367738 14.5788895
14.6562936 14.8653905 15.8953689 16.3642832 16.9134463
17.6721737 17.9462166 18.5914885 18.7332040 18.9013168
19.8343746 19.8784839 20.3525810 20.8699876 21.2085104
21.7376276 22.0952239 22.4072089 23.2364133 23.3513731
23.5585488 23.8413780 24.8477173 25.1877047 25.4591977
25.7932612 26.2546586 26.5799636 26.8946220 27.6969209
27.9360081 28.4560099 29.1299089 29.4222226 29.8463691
30.3224591 30.6429567 30.8139911 31.2634013 32.1004950
32.7678205 32.9602297 33.1048946 33.3320254 33.5599569
33.8632658 34.5513094 34.9399825 35.2302103 35.6144292
36.2615590 36.6132477 37.1733459 37.2140973 37.4462991
38.3101321 38.7025548 38.9821338 39.1333115 39.3194254
39.5008995 40.1984916 40.2577811 40.5596600 41.3297699
41.6417317
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034319 0.0034321 0.0034336 0.0034339 0.0034339
0.0034345 65.0228114 70.3535989 82.9239856 85.5814396
128.8837981 146.5198855 154.3449180 176.6818764 179.6111961
195.6710489 200.4133642 208.0740013 226.0137069 229.2997408
248.9970031 260.9830681 270.5353167 271.6077060 282.0789721
285.8735718 302.5996263 307.1323111 321.0437512 326.6080378
342.8556766 345.4334824 358.9696715 363.0962999 370.2323645
377.4893447 384.6495775 395.5946356 403.9361309 414.6269270
415.7261638 418.6811812 432.9428642 439.2823696 446.5924074
456.4994577 460.0253171 468.2225884 470.0037379 472.1079463
483.6203154 484.1577738 489.8972781 496.0853202 500.0925251
506.2923355 510.4397461 514.0308239 523.4555709 524.7488458
527.0715168 530.2259233 541.3006259 544.9913094 547.9206102
551.5036715 556.4145367 559.8510170 563.1550759 571.4931455
573.9544857 579.2716601 586.0907178 589.0240379 593.2544890
597.9673752 601.1192196 602.7944659 607.1743174 615.2493241
621.6115258 623.4338730 624.8005240 626.9402209 629.0801439
631.9165066 638.3039552 641.8841061 644.5444872 648.0496411
653.9108094 657.0741878 662.0809725 662.4437770 664.5072617
672.1281811 675.5618203 677.9974872 679.3108952 680.9243449
682.4938984 688.4939986 689.0015476 691.5800123 698.1146856
700.7444567
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 6055
Rtb_to_modes> Number of blocs = 193
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.85
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.61
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.61
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.64
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1158 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00002
1.00001 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999
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1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
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1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
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1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 0.99999
0.99999 0.99998 1.00001 1.00002 0.99999
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1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 108990 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999
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1.00001 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999
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1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000
0.99997 1.00001 0.99998 0.99997 1.00002
1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 1.00003
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1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99998
1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 0.99999
0.99999 0.99998 1.00001 1.00002 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001
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1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403211529024168498.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403211529024168498.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403211529024168498.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403211529024168498.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 768
First residue number = 78
Last residue number = 130
Number of atoms found = 6055
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9880E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9891E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6211
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.748
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.64
Bfactors> 106 vectors, 18165 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.358500
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.429 for 768 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.040 +/- 0.08
Bfactors> = 138.315 +/- 15.45
Bfactors> Shiftng-fct= 138.275
Bfactors> Scaling-fct= 192.845
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2403211529024168498.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403211529024168498.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2403211529024168498.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403211529024168498.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2403211529024168498.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2403211529024168498.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4318E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 65.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 70.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 85.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 128.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 146.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 176.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 195.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 208.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 226.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 229.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 249.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 261.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 307.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 326.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 342.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 345.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 359.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 363.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 384.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 415.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 418.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 460.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 468.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 484.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 496.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 510.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 514.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 523.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 597.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 602.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 607.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 621.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 629.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 631.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 641.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 648.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.0
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 672.1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 680.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 689.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 700.7
Projmod> 106 vectors, 18165 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 768
First residue number = 78
Last residue number = 130
Number of atoms found = 6055
Mean number per residue = 7.9
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 765
First residue number = 79
Last residue number = 130
Number of atoms found = 6035
Mean number per residue = 7.9
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Wn> Different number of residues for the other conformer.
%Projmod-Er> Not enough of them.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403211529024168498 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
making animated gifs
11 models are in 2403211529024168498.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211529024168498.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211529024168498.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 537 3.761 424 1.534
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 537 3.759 425 1.534
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 537 3.758 426 1.536
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 537 3.758 426 1.535
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 537 3.759 422 1.521
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 537 3.760 424 1.530
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 537 3.762 426 1.537
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 537 3.765 424 1.529
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 537 3.769 421 1.570
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 537 3.774 421 1.527
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 537 3.779 420 1.574
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403211529024168498 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=0
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403211529024168498.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
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2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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2403211529024168498.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211529024168498.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211529024168498.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 537 3.642 424 1.519
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 537 3.660 422 1.508
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 537 3.682 422 1.508
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 537 3.705 421 1.507
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 537 3.731 425 1.526
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 537 3.760 424 1.530
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 537 3.791 425 1.534
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 537 3.825 424 1.538
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 537 3.860 427 1.558
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 537 3.898 425 1.556
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 537 3.938 425 1.564
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403211529024168498 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403211529024168498.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403211529024168498.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403211529024168498.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
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11 models are in 2403211529024168498.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211529024168498.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211529024168498.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 537 3.535 426 1.600
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 537 3.564 424 1.588
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 537 3.602 428 1.553
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 537 3.647 426 1.539
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 537 3.700 426 1.537
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 537 3.760 424 1.530
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 537 3.827 423 1.525
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 537 3.900 420 1.510
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 537 3.979 421 1.513
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 537 4.064 420 1.511
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 537 4.155 419 1.511
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403211529024168498 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403211529024168498.eigenfacs
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2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
making animated gifs
11 models are in 2403211529024168498.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211529024168498.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211529024168498.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 537 3.910 428 1.593
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 537 3.873 425 1.569
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 537 3.840 426 1.558
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 537 3.810 428 1.551
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 537 3.783 425 1.537
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 537 3.760 424 1.530
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 537 3.741 420 1.513
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 537 3.724 419 1.514
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 537 3.712 418 1.520
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 537 3.703 417 1.578
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 537 3.699 416 1.597
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403211529024168498 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403211529024168498.eigenfacs
2403211529024168498.atom
making animated gifs
11 models are in 2403211529024168498.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211529024168498.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211529024168498.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 537 3.999 408 1.630
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 537 3.912 412 1.631
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 537 3.843 413 1.604
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 537 3.795 418 1.603
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 537 3.767 426 1.588
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 537 3.760 424 1.530
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 537 3.775 423 1.532
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 537 3.810 416 1.551
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 537 3.866 407 1.534
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 537 3.942 402 1.526
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 537 4.036 402 1.538
2403211529024168498.10.pdb
2403211529024168498.11.pdb
2403211529024168498.7.pdb
2403211529024168498.8.pdb
2403211529024168498.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m33.642s
user 0m33.506s
sys 0m0.136s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403211529024168498.Chkmod.res: No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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