*** TRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM 05-JUL-18 6DZZ ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403211659488816.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403211659488816.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403211659488816.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 768
First residue number = 78
Last residue number = 130
Number of atoms found = 6055
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 159.754099 +/- 14.883125 From: 120.395000 To: 190.868000
= 156.385981 +/- 13.083505 From: 125.239000 To: 193.072000
= 153.124161 +/- 25.705449 From: 97.630000 To: 200.988000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.3180 % Filled.
Pdbmat> 2174643 non-zero elements.
Pdbmat> 237627 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 78.49 +/- 20.68
Maximum number = 124
Minimum number = 14
Pdbmat> Matrix trace = 4.752540E+06
Pdbmat> Larger element = 468.307
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
768 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403211659488816.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403211659488816.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403211659488816.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 6055 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 768 residues.
Blocpdb> 36 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 36 atoms in block 2
Block first atom: 37
Blocpdb> 34 atoms in block 3
Block first atom: 73
Blocpdb> 29 atoms in block 4
Block first atom: 107
Blocpdb> 28 atoms in block 5
Block first atom: 136
Blocpdb> 28 atoms in block 6
Block first atom: 164
Blocpdb> 43 atoms in block 7
Block first atom: 192
Blocpdb> 33 atoms in block 8
Block first atom: 235
Blocpdb> 33 atoms in block 9
Block first atom: 268
Blocpdb> 24 atoms in block 10
Block first atom: 301
Blocpdb> 35 atoms in block 11
Block first atom: 325
Blocpdb> 28 atoms in block 12
Block first atom: 360
Blocpdb> 27 atoms in block 13
Block first atom: 388
Blocpdb> 34 atoms in block 14
Block first atom: 415
Blocpdb> 37 atoms in block 15
Block first atom: 449
Blocpdb> 26 atoms in block 16
Block first atom: 486
Blocpdb> 41 atoms in block 17
Block first atom: 512
Blocpdb> 24 atoms in block 18
Block first atom: 553
Blocpdb> 42 atoms in block 19
Block first atom: 577
Blocpdb> 29 atoms in block 20
Block first atom: 619
Blocpdb> 32 atoms in block 21
Block first atom: 648
Blocpdb> 29 atoms in block 22
Block first atom: 680
Blocpdb> 27 atoms in block 23
Block first atom: 709
Blocpdb> 36 atoms in block 24
Block first atom: 736
Blocpdb> 38 atoms in block 25
Block first atom: 772
Blocpdb> 28 atoms in block 26
Block first atom: 810
Blocpdb> 39 atoms in block 27
Block first atom: 838
Blocpdb> 34 atoms in block 28
Block first atom: 877
Blocpdb> 32 atoms in block 29
Block first atom: 911
Blocpdb> 38 atoms in block 30
Block first atom: 943
Blocpdb> 28 atoms in block 31
Block first atom: 981
Blocpdb> 36 atoms in block 32
Block first atom: 1009
Blocpdb> 25 atoms in block 33
Block first atom: 1045
Blocpdb> 38 atoms in block 34
Block first atom: 1070
Blocpdb> 31 atoms in block 35
Block first atom: 1108
Blocpdb> 36 atoms in block 36
Block first atom: 1139
Blocpdb> 31 atoms in block 37
Block first atom: 1175
Blocpdb> 27 atoms in block 38
Block first atom: 1206
Blocpdb> 39 atoms in block 39
Block first atom: 1233
Blocpdb> 36 atoms in block 40
Block first atom: 1272
Blocpdb> 38 atoms in block 41
Block first atom: 1308
Blocpdb> 27 atoms in block 42
Block first atom: 1346
Blocpdb> 29 atoms in block 43
Block first atom: 1373
Blocpdb> 32 atoms in block 44
Block first atom: 1402
Blocpdb> 30 atoms in block 45
Block first atom: 1434
Blocpdb> 30 atoms in block 46
Block first atom: 1464
Blocpdb> 33 atoms in block 47
Block first atom: 1494
Blocpdb> 37 atoms in block 48
Block first atom: 1527
Blocpdb> 35 atoms in block 49
Block first atom: 1564
Blocpdb> 29 atoms in block 50
Block first atom: 1599
Blocpdb> 27 atoms in block 51
Block first atom: 1628
Blocpdb> 33 atoms in block 52
Block first atom: 1655
Blocpdb> 37 atoms in block 53
Block first atom: 1688
Blocpdb> 30 atoms in block 54
Block first atom: 1725
Blocpdb> 30 atoms in block 55
Block first atom: 1755
Blocpdb> 27 atoms in block 56
Block first atom: 1785
Blocpdb> 24 atoms in block 57
Block first atom: 1812
Blocpdb> 36 atoms in block 58
Block first atom: 1836
Blocpdb> 39 atoms in block 59
Block first atom: 1872
Blocpdb> 38 atoms in block 60
Block first atom: 1911
Blocpdb> 34 atoms in block 61
Block first atom: 1949
Blocpdb> 27 atoms in block 62
Block first atom: 1983
Blocpdb> 35 atoms in block 63
Block first atom: 2010
Blocpdb> 27 atoms in block 64
Block first atom: 2045
Blocpdb> 36 atoms in block 65
Block first atom: 2072
Blocpdb> 26 atoms in block 66
Block first atom: 2108
Blocpdb> 27 atoms in block 67
Block first atom: 2134
Blocpdb> 27 atoms in block 68
Block first atom: 2161
Blocpdb> 40 atoms in block 69
Block first atom: 2188
Blocpdb> 30 atoms in block 70
Block first atom: 2228
Blocpdb> 34 atoms in block 71
Block first atom: 2258
Blocpdb> 28 atoms in block 72
Block first atom: 2292
Blocpdb> 28 atoms in block 73
Block first atom: 2320
Blocpdb> 32 atoms in block 74
Block first atom: 2348
Blocpdb> 28 atoms in block 75
Block first atom: 2380
Blocpdb> 33 atoms in block 76
Block first atom: 2408
Blocpdb> 31 atoms in block 77
Block first atom: 2441
Blocpdb> 30 atoms in block 78
Block first atom: 2472
Blocpdb> 36 atoms in block 79
Block first atom: 2502
Blocpdb> 29 atoms in block 80
Block first atom: 2538
Blocpdb> 27 atoms in block 81
Block first atom: 2567
Blocpdb> 25 atoms in block 82
Block first atom: 2594
Blocpdb> 34 atoms in block 83
Block first atom: 2619
Blocpdb> 31 atoms in block 84
Block first atom: 2653
Blocpdb> 29 atoms in block 85
Block first atom: 2684
Blocpdb> 25 atoms in block 86
Block first atom: 2713
Blocpdb> 35 atoms in block 87
Block first atom: 2738
Blocpdb> 38 atoms in block 88
Block first atom: 2773
Blocpdb> 31 atoms in block 89
Block first atom: 2811
Blocpdb> 28 atoms in block 90
Block first atom: 2842
Blocpdb> 29 atoms in block 91
Block first atom: 2870
Blocpdb> 25 atoms in block 92
Block first atom: 2899
Blocpdb> 27 atoms in block 93
Block first atom: 2924
Blocpdb> 32 atoms in block 94
Block first atom: 2951
Blocpdb> 35 atoms in block 95
Block first atom: 2983
Blocpdb> 39 atoms in block 96
Block first atom: 3018
Blocpdb> 42 atoms in block 97
Block first atom: 3057
Blocpdb> 27 atoms in block 98
Block first atom: 3099
Blocpdb> 28 atoms in block 99
Block first atom: 3126
Blocpdb> 32 atoms in block 100
Block first atom: 3154
Blocpdb> 30 atoms in block 101
Block first atom: 3186
Blocpdb> 26 atoms in block 102
Block first atom: 3216
Blocpdb> 31 atoms in block 103
Block first atom: 3242
Blocpdb> 34 atoms in block 104
Block first atom: 3273
Blocpdb> 33 atoms in block 105
Block first atom: 3307
Blocpdb> 23 atoms in block 106
Block first atom: 3340
Blocpdb> 27 atoms in block 107
Block first atom: 3363
Blocpdb> 30 atoms in block 108
Block first atom: 3390
Blocpdb> 25 atoms in block 109
Block first atom: 3420
Blocpdb> 41 atoms in block 110
Block first atom: 3445
Blocpdb> 35 atoms in block 111
Block first atom: 3486
Blocpdb> 32 atoms in block 112
Block first atom: 3521
Blocpdb> 34 atoms in block 113
Block first atom: 3553
Blocpdb> 28 atoms in block 114
Block first atom: 3587
Blocpdb> 43 atoms in block 115
Block first atom: 3615
Blocpdb> 39 atoms in block 116
Block first atom: 3658
Blocpdb> 26 atoms in block 117
Block first atom: 3697
Blocpdb> 34 atoms in block 118
Block first atom: 3723
Blocpdb> 35 atoms in block 119
Block first atom: 3757
Blocpdb> 31 atoms in block 120
Block first atom: 3792
Blocpdb> 28 atoms in block 121
Block first atom: 3823
Blocpdb> 36 atoms in block 122
Block first atom: 3851
Blocpdb> 40 atoms in block 123
Block first atom: 3887
Blocpdb> 45 atoms in block 124
Block first atom: 3927
Blocpdb> 30 atoms in block 125
Block first atom: 3972
Blocpdb> 30 atoms in block 126
Block first atom: 4002
Blocpdb> 23 atoms in block 127
Block first atom: 4032
Blocpdb> 33 atoms in block 128
Block first atom: 4055
Blocpdb> 34 atoms in block 129
Block first atom: 4088
Blocpdb> 36 atoms in block 130
Block first atom: 4122
Blocpdb> 30 atoms in block 131
Block first atom: 4158
Blocpdb> 31 atoms in block 132
Block first atom: 4188
Blocpdb> 36 atoms in block 133
Block first atom: 4219
Blocpdb> 30 atoms in block 134
Block first atom: 4255
Blocpdb> 30 atoms in block 135
Block first atom: 4285
Blocpdb> 33 atoms in block 136
Block first atom: 4315
Blocpdb> 28 atoms in block 137
Block first atom: 4348
Blocpdb> 31 atoms in block 138
Block first atom: 4376
Blocpdb> 26 atoms in block 139
Block first atom: 4407
Blocpdb> 32 atoms in block 140
Block first atom: 4433
Blocpdb> 26 atoms in block 141
Block first atom: 4465
Blocpdb> 33 atoms in block 142
Block first atom: 4491
Blocpdb> 35 atoms in block 143
Block first atom: 4524
Blocpdb> 44 atoms in block 144
Block first atom: 4559
Blocpdb> 36 atoms in block 145
Block first atom: 4603
Blocpdb> 24 atoms in block 146
Block first atom: 4639
Blocpdb> 39 atoms in block 147
Block first atom: 4663
Blocpdb> 35 atoms in block 148
Block first atom: 4702
Blocpdb> 23 atoms in block 149
Block first atom: 4737
Blocpdb> 36 atoms in block 150
Block first atom: 4760
Blocpdb> 30 atoms in block 151
Block first atom: 4796
Blocpdb> 27 atoms in block 152
Block first atom: 4826
Blocpdb> 27 atoms in block 153
Block first atom: 4853
Blocpdb> 29 atoms in block 154
Block first atom: 4880
Blocpdb> 32 atoms in block 155
Block first atom: 4909
Blocpdb> 31 atoms in block 156
Block first atom: 4941
Blocpdb> 27 atoms in block 157
Block first atom: 4972
Blocpdb> 28 atoms in block 158
Block first atom: 4999
Blocpdb> 36 atoms in block 159
Block first atom: 5027
Blocpdb> 27 atoms in block 160
Block first atom: 5063
Blocpdb> 31 atoms in block 161
Block first atom: 5090
Blocpdb> 28 atoms in block 162
Block first atom: 5121
Blocpdb> 38 atoms in block 163
Block first atom: 5149
Blocpdb> 26 atoms in block 164
Block first atom: 5187
Blocpdb> 14 atoms in block 165
Block first atom: 5213
Blocpdb> 31 atoms in block 166
Block first atom: 5227
Blocpdb> 29 atoms in block 167
Block first atom: 5258
Blocpdb> 24 atoms in block 168
Block first atom: 5287
Blocpdb> 25 atoms in block 169
Block first atom: 5311
Blocpdb> 32 atoms in block 170
Block first atom: 5336
Blocpdb> 31 atoms in block 171
Block first atom: 5368
Blocpdb> 26 atoms in block 172
Block first atom: 5399
Blocpdb> 35 atoms in block 173
Block first atom: 5425
Blocpdb> 29 atoms in block 174
Block first atom: 5460
Blocpdb> 41 atoms in block 175
Block first atom: 5489
Blocpdb> 34 atoms in block 176
Block first atom: 5530
Blocpdb> 27 atoms in block 177
Block first atom: 5564
Blocpdb> 33 atoms in block 178
Block first atom: 5591
Blocpdb> 28 atoms in block 179
Block first atom: 5624
Blocpdb> 27 atoms in block 180
Block first atom: 5652
Blocpdb> 23 atoms in block 181
Block first atom: 5679
Blocpdb> 32 atoms in block 182
Block first atom: 5702
Blocpdb> 20 atoms in block 183
Block first atom: 5734
Blocpdb> 36 atoms in block 184
Block first atom: 5754
Blocpdb> 34 atoms in block 185
Block first atom: 5790
Blocpdb> 33 atoms in block 186
Block first atom: 5824
Blocpdb> 28 atoms in block 187
Block first atom: 5857
Blocpdb> 36 atoms in block 188
Block first atom: 5885
Blocpdb> 34 atoms in block 189
Block first atom: 5921
Blocpdb> 31 atoms in block 190
Block first atom: 5955
Blocpdb> 26 atoms in block 191
Block first atom: 5986
Blocpdb> 27 atoms in block 192
Block first atom: 6012
Blocpdb> 17 atoms in block 193
Block first atom: 6038
Blocpdb> 193 blocks.
Blocpdb> At most, 45 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2174836 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 18165
Prepmat> Matrix trace = 4752540.0000
Prepmat> Last element read: 18165 18165 117.2341
Prepmat> 18722 lines saved.
Prepmat> 17004 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 6055
RTB> Total mass = 6055.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 6055
RTB> Number of blocks = 193
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 219378.5700
RTB> 58917 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1158
Diagstd> Nb of non-zero elements: 58917
Diagstd> Projected matrix trace = 219378.5700
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1158 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 219378.5700
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.3589484 0.4197354 0.5823896 0.6206519
1.4063817 1.7682151 2.0106045 2.5859925 2.7152723
3.2303143 3.4039978 3.6709747 4.2375215 4.4102239
5.2383277 5.7740867 6.2014344 6.2571226 6.7443911
6.9209216 7.7568476 7.9746611 8.7234289 9.0404462
9.9664946 10.1100583 10.9188221 11.1815579 11.6226532
12.0779997 12.5390403 13.2650241 13.8421896 14.5810228
14.6469066 14.8591214 15.8954479 16.3671199 16.9031663
17.6642847 17.9434502 18.5756133 18.7111699 18.8963187
19.8258737 19.8700697 20.3235343 20.8594950 21.1873800
21.7349427 22.0850796 22.3640339 23.2082617 23.3402648
23.5468621 23.8293667 24.8417600 25.1681410 25.4296939
25.7894215 26.2542046 26.5547630 26.8706558 27.6859895
27.9346685 28.4495891 29.1218750 29.4159092 29.8314738
30.3121179 30.5811713 30.7650821 31.1953960 32.0582986
32.7376702 32.9327627 33.0483665 33.3060810 33.5456328
33.8701122 34.5327895 34.9227016 35.2220800 35.5993743
36.2101713 36.6063596 37.1243272 37.2239446 37.4424863
38.2340639 38.6767468 38.9076025 39.1366700 39.2669376
39.4945914 40.1705953 40.2452596 40.5425891 41.3199803
41.6277436
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034327 0.0034334 0.0034339 0.0034340 0.0034340
0.0034347 65.0595853 70.3530720 82.8709086 85.5498652
128.7795447 144.3985476 153.9779770 174.6260010 178.9377509
195.1720702 200.3502627 208.0587456 223.5379374 228.0476488
248.5373202 260.9377612 270.4215879 271.6330511 282.0113919
285.6782959 302.4390816 306.6559512 320.7294902 326.5052832
342.8202747 345.2805465 358.8253978 363.1168803 370.2098073
377.3920856 384.5275226 395.5025627 404.0151742 414.6572616
415.5930116 418.5928883 432.9439402 439.3204427 446.4566672
456.3975541 459.9898591 468.0226385 469.7272461 472.0455224
483.5166652 484.0552954 489.5475680 495.9605979 499.8433375
506.2610664 510.3225561 513.5353581 523.1383847 524.6240181
526.9407686 530.0923426 541.2357326 544.7796163 547.6030349
551.4626206 556.4097262 559.5855547 562.9041014 571.3803558
573.9407240 579.2063034 586.0098917 588.9608385 593.1064335
597.8654005 600.5128953 602.3158883 606.5135839 614.8448156
621.3254815 623.1740532 624.2668582 626.6961793 628.9458768
631.9803831 638.1328635 641.7253521 644.4701094 647.9126548
653.4473029 657.0123775 661.6443010 662.5314168 664.4734304
671.4605644 675.3365411 677.3490336 679.3400442 680.4697078
682.4394008 688.2550617 688.8943879 691.4344600 698.0320013
700.6267514
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 6055
Rtb_to_modes> Number of blocs = 193
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9926E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.966
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.62
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.54
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.58
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.90
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.55
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.06
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.31
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.92
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.60
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.63
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1158 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000
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1.00002 1.00001 1.00001 0.99997 1.00000
1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000
1.00000 0.99997 1.00002 0.99998 1.00000
0.99999 1.00002 1.00001 1.00001 0.99998
0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001
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0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
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1.00001 0.99999 0.99998 0.99999 1.00001
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 108990 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 0.99999 0.99998 1.00001
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1.00002 1.00000 0.99998 1.00000 1.00003
1.00001 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000
0.99998 0.99997 0.99999 0.99999 0.99999
1.00002 1.00001 1.00001 0.99997 1.00000
1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000
1.00000 0.99997 1.00002 0.99998 1.00000
0.99999 1.00002 1.00001 1.00001 0.99998
0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001
0.99999 0.99997 1.00002 1.00001 1.00000
0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 0.99999
1.00001 1.00003 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999
1.00001 0.99999 0.99998 0.99999 1.00001
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403211659488816.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403211659488816.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403211659488816.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403211659488816.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 768
First residue number = 78
Last residue number = 130
Number of atoms found = 6055
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9926E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9970E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3589
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4197
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5824
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6207
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.406
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.768
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.011
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.586
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.404
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.410
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.744
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.63
Bfactors> 106 vectors, 18165 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.358900
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.427 for 768 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.040 +/- 0.08
Bfactors> = 138.315 +/- 15.45
Bfactors> Shiftng-fct= 138.275
Bfactors> Scaling-fct= 190.137
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2403211659488816.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403211659488816.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2403211659488816.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403211659488816.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2403211659488816.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2403211659488816.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 65.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 70.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 85.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 128.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 144.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 174.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 178.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 195.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 208.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 306.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 326.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 342.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 345.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 363.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 384.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 415.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 418.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 468.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 484.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 510.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 523.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 597.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 602.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 621.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 629.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 641.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 647.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 662.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 671.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 680.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 700.6
Projmod> 106 vectors, 18165 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 768
First residue number = 78
Last residue number = 130
Number of atoms found = 6055
Mean number per residue = 7.9
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 988
First residue number = 79
Last residue number = 255
Number of atoms found = 7769
Mean number per residue = 7.9
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Wn> Different number of residues for the other conformer.
%Projmod-Er> Atom 1 of first conformer: GLU 78 N not found in second one.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403211659488816 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
making animated gifs
11 models are in 2403211659488816.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211659488816.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211659488816.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 537 3.838 407 1.647
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 537 3.834 407 1.640
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 537 3.832 417 1.659
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 537 3.830 410 1.641
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 537 3.830 411 1.644
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 537 3.830 410 1.638
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 537 3.832 415 1.653
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 537 3.834 414 1.648
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 537 3.838 413 1.659
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 537 3.842 412 1.656
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 537 3.848 411 1.655
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403211659488816 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2403211659488816.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
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2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
making animated gifs
11 models are in 2403211659488816.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211659488816.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211659488816.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 537 4.013 407 1.689
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 537 3.972 411 1.682
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 537 3.933 412 1.682
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 537 3.897 414 1.678
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 537 3.862 412 1.656
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 537 3.830 410 1.638
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 537 3.801 411 1.633
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 537 3.774 411 1.626
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 537 3.750 412 1.624
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 537 3.728 413 1.606
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 537 3.709 410 1.610
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403211659488816 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403211659488816.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
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2403211659488816.eigenfacs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211659488816.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211659488816.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 537 4.217 408 1.650
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 537 4.128 408 1.644
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 537 4.044 409 1.643
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 537 3.967 409 1.641
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 537 3.895 410 1.625
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 537 3.830 410 1.638
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 537 3.772 412 1.639
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 537 3.721 412 1.654
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 537 3.677 413 1.652
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 537 3.642 414 1.673
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 537 3.613 415 1.683
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403211659488816 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403211659488816.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2403211659488816.eigenfacs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211659488816.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 537 3.953 414 1.683
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 537 3.922 414 1.677
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 537 3.893 415 1.672
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 537 3.869 415 1.668
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 537 3.848 414 1.646
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 537 3.830 410 1.638
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 537 3.817 411 1.653
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 537 3.807 409 1.659
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 537 3.801 414 1.676
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 537 3.799 404 1.683
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 537 3.801 397 1.679
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403211659488816 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403211659488816.eigenfacs
2403211659488816.atom
making animated gifs
11 models are in 2403211659488816.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211659488816.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403211659488816.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 537 4.109 395 1.612
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 537 4.015 397 1.620
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 537 3.940 399 1.622
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 537 3.883 403 1.651
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 537 3.846 410 1.655
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 537 3.830 410 1.638
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 537 3.835 411 1.688
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 537 3.861 403 1.699
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 537 3.907 399 1.717
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 537 3.973 395 1.713
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 537 4.057 395 1.733
2403211659488816.10.pdb
2403211659488816.11.pdb
2403211659488816.7.pdb
2403211659488816.8.pdb
2403211659488816.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m32.702s
user 0m32.649s
sys 0m0.052s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403211659488816.Chkmod.res: No such file or directory
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