*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403301542021583709.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403301542021583709.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403301542021583709.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 202
First residue number = 89
Last residue number = 324
Number of atoms found = 1635
Mean number per residue = 8.1
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 187.830233 +/- 9.028349 From: 167.515000 To: 207.545000
= 178.996645 +/- 13.830926 From: 149.994000 To: 210.319000
= 164.645109 +/- 10.127802 From: 140.484000 To: 182.958000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.1863 % Filled.
Pdbmat> 503696 non-zero elements.
Pdbmat> 54884 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 67.14 +/- 20.62
Maximum number = 125
Minimum number = 16
Pdbmat> Matrix trace = 1.097680E+06
Pdbmat> Larger element = 487.888
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
202 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403301542021583709.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403301542021583709.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403301542021583709.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1635 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 202 residues.
Blocpdb> 17 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 17 atoms in block 2
Block first atom: 18
Blocpdb> 12 atoms in block 3
Block first atom: 35
Blocpdb> 18 atoms in block 4
Block first atom: 47
Blocpdb> 16 atoms in block 5
Block first atom: 65
Blocpdb> 18 atoms in block 6
Block first atom: 81
Blocpdb> 22 atoms in block 7
Block first atom: 99
Blocpdb> 16 atoms in block 8
Block first atom: 121
Blocpdb> 17 atoms in block 9
Block first atom: 137
Blocpdb> 16 atoms in block 10
Block first atom: 154
Blocpdb> 22 atoms in block 11
Block first atom: 170
Blocpdb> 18 atoms in block 12
Block first atom: 192
Blocpdb> 23 atoms in block 13
Block first atom: 210
Blocpdb> 14 atoms in block 14
Block first atom: 233
Blocpdb> 15 atoms in block 15
Block first atom: 247
Blocpdb> 15 atoms in block 16
Block first atom: 262
Blocpdb> 13 atoms in block 17
Block first atom: 277
Blocpdb> 14 atoms in block 18
Block first atom: 290
Blocpdb> 13 atoms in block 19
Block first atom: 304
Blocpdb> 19 atoms in block 20
Block first atom: 317
Blocpdb> 13 atoms in block 21
Block first atom: 336
Blocpdb> 10 atoms in block 22
Block first atom: 349
Blocpdb> 19 atoms in block 23
Block first atom: 359
Blocpdb> 17 atoms in block 24
Block first atom: 378
Blocpdb> 13 atoms in block 25
Block first atom: 395
Blocpdb> 17 atoms in block 26
Block first atom: 408
Blocpdb> 15 atoms in block 27
Block first atom: 425
Blocpdb> 14 atoms in block 28
Block first atom: 440
Blocpdb> 11 atoms in block 29
Block first atom: 454
Blocpdb> 21 atoms in block 30
Block first atom: 465
Blocpdb> 16 atoms in block 31
Block first atom: 486
Blocpdb> 15 atoms in block 32
Block first atom: 502
Blocpdb> 16 atoms in block 33
Block first atom: 517
Blocpdb> 18 atoms in block 34
Block first atom: 533
Blocpdb> 19 atoms in block 35
Block first atom: 551
Blocpdb> 16 atoms in block 36
Block first atom: 570
Blocpdb> 17 atoms in block 37
Block first atom: 586
Blocpdb> 19 atoms in block 38
Block first atom: 603
Blocpdb> 14 atoms in block 39
Block first atom: 622
Blocpdb> 16 atoms in block 40
Block first atom: 636
Blocpdb> 13 atoms in block 41
Block first atom: 652
Blocpdb> 13 atoms in block 42
Block first atom: 665
Blocpdb> 15 atoms in block 43
Block first atom: 678
Blocpdb> 16 atoms in block 44
Block first atom: 693
Blocpdb> 20 atoms in block 45
Block first atom: 709
Blocpdb> 19 atoms in block 46
Block first atom: 729
Blocpdb> 20 atoms in block 47
Block first atom: 748
Blocpdb> 12 atoms in block 48
Block first atom: 768
Blocpdb> 18 atoms in block 49
Block first atom: 780
Blocpdb> 17 atoms in block 50
Block first atom: 798
Blocpdb> 11 atoms in block 51
Block first atom: 815
Blocpdb> 19 atoms in block 52
Block first atom: 826
Blocpdb> 18 atoms in block 53
Block first atom: 845
Blocpdb> 18 atoms in block 54
Block first atom: 863
Blocpdb> 16 atoms in block 55
Block first atom: 881
Blocpdb> 16 atoms in block 56
Block first atom: 897
Blocpdb> 14 atoms in block 57
Block first atom: 913
Blocpdb> 16 atoms in block 58
Block first atom: 927
Blocpdb> 16 atoms in block 59
Block first atom: 943
Blocpdb> 15 atoms in block 60
Block first atom: 959
Blocpdb> 13 atoms in block 61
Block first atom: 974
Blocpdb> 12 atoms in block 62
Block first atom: 987
Blocpdb> 19 atoms in block 63
Block first atom: 999
Blocpdb> 14 atoms in block 64
Block first atom: 1018
Blocpdb> 11 atoms in block 65
Block first atom: 1032
Blocpdb> 17 atoms in block 66
Block first atom: 1043
Blocpdb> 17 atoms in block 67
Block first atom: 1060
Blocpdb> 16 atoms in block 68
Block first atom: 1077
Blocpdb> 15 atoms in block 69
Block first atom: 1093
Blocpdb> 19 atoms in block 70
Block first atom: 1108
Blocpdb> 13 atoms in block 71
Block first atom: 1127
Blocpdb> 16 atoms in block 72
Block first atom: 1140
Blocpdb> 19 atoms in block 73
Block first atom: 1156
Blocpdb> 16 atoms in block 74
Block first atom: 1175
Blocpdb> 16 atoms in block 75
Block first atom: 1191
Blocpdb> 8 atoms in block 76
Block first atom: 1207
Blocpdb> 16 atoms in block 77
Block first atom: 1215
Blocpdb> 23 atoms in block 78
Block first atom: 1231
Blocpdb> 20 atoms in block 79
Block first atom: 1254
Blocpdb> 16 atoms in block 80
Block first atom: 1274
Blocpdb> 15 atoms in block 81
Block first atom: 1290
Blocpdb> 20 atoms in block 82
Block first atom: 1305
Blocpdb> 21 atoms in block 83
Block first atom: 1325
Blocpdb> 20 atoms in block 84
Block first atom: 1346
Blocpdb> 15 atoms in block 85
Block first atom: 1366
Blocpdb> 13 atoms in block 86
Block first atom: 1381
Blocpdb> 20 atoms in block 87
Block first atom: 1394
Blocpdb> 10 atoms in block 88
Block first atom: 1414
Blocpdb> 14 atoms in block 89
Block first atom: 1424
Blocpdb> 15 atoms in block 90
Block first atom: 1438
Blocpdb> 13 atoms in block 91
Block first atom: 1453
Blocpdb> 18 atoms in block 92
Block first atom: 1466
Blocpdb> 17 atoms in block 93
Block first atom: 1484
Blocpdb> 19 atoms in block 94
Block first atom: 1501
Blocpdb> 12 atoms in block 95
Block first atom: 1520
Blocpdb> 19 atoms in block 96
Block first atom: 1532
Blocpdb> 22 atoms in block 97
Block first atom: 1551
Blocpdb> 13 atoms in block 98
Block first atom: 1573
Blocpdb> 14 atoms in block 99
Block first atom: 1586
Blocpdb> 21 atoms in block 100
Block first atom: 1600
Blocpdb> 15 atoms in block 101
Block first atom: 1620
Blocpdb> 101 blocks.
Blocpdb> At most, 23 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 503797 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 4905
Prepmat> Matrix trace = 1097680.0000
Prepmat> Last element read: 4905 4905 135.8783
Prepmat> 5152 lines saved.
Prepmat> 4312 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1635
RTB> Total mass = 1635.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1635
RTB> Number of blocks = 101
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 109031.5062
RTB> 28689 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 606
Diagstd> Nb of non-zero elements: 28689
Diagstd> Projected matrix trace = 109031.5062
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 606 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 109031.5062
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.4027580 0.6158566 1.1363415 1.5851890
1.9619943 2.4861519 3.3257789 3.7431047 4.1092154
4.4685577 5.0499325 5.1626443 5.8210619 6.9378990
7.1320673 7.2805443 8.3315741 8.4940958 9.1600997
9.4158226 10.5949969 10.7234067 11.2051263 12.6122905
13.1075470 13.8144764 13.9675567 14.8773195 15.1644315
15.7303327 16.2998852 17.6493004 18.0895673 18.7991083
20.0375017 20.2085074 20.5380159 21.1399352 21.8859804
22.0334315 22.4917277 23.5111180 24.0940517 24.4928079
25.0925940 26.3988528 26.7072555 27.4934177 28.9002988
29.6846743 30.3910431 30.9773067 31.1649249 31.6174354
32.0010423 33.3658864 33.7970649 34.6472299 35.3116044
35.6680455 37.2336887 37.8749242 38.7282737 39.7740020
40.0116060 41.1174922 43.1679511 43.5789033 43.7518922
45.1208396 45.9268699 46.5375398 46.8601782 47.0535845
47.4973461 48.1351251 48.4456602 49.0151416 50.3371633
51.4189174 52.3891287 52.5049937 53.3018561 54.2113915
54.6165146 55.0431145 55.4315402 55.9457932 56.3232722
57.2275998 58.3968793 59.4937515 59.5536925 60.6754917
61.4166172 61.5893406 62.4104096 62.9907883 63.5613905
64.2824320
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034328 0.0034336 0.0034337 0.0034338 0.0034339
0.0034340 68.9155752 85.2187368 115.7576519 136.7211825
152.1052328 171.2218217 198.0350073 210.0928484 220.1277190
229.5508813 244.0271056 246.7353527 261.9970434 286.0284719
290.0033383 293.0064658 313.4431709 316.4855300 328.6588864
333.2149001 353.4644141 355.5999319 363.4993661 385.6490474
393.1479296 403.6105363 405.8406097 418.8491377 422.8714320
430.6894504 438.4171681 456.2039364 461.8589557 470.8297593
486.0904250 488.1602352 492.1239753 499.2833764 508.0170441
509.7254873 514.9993597 526.5406690 533.0282164 537.4209206
543.9613711 557.9403974 561.1899840 569.3897506 583.7762824
591.6453075 598.6432406 604.3897743 606.2172955 610.6025308
614.2955117 627.2585850 631.2985226 639.1893635 645.2886191
648.5372661 662.6181260 668.2995470 675.7862478 684.8491578
686.8917055 696.3195511 713.4704627 716.8584826 718.2798784
729.4304121 735.9167775 740.7932060 743.3566795 744.8891305
748.3934063 753.4012439 755.8275525 760.2569715 770.4414667
778.6759200 785.9879141 786.8565883 792.8051204 799.5406665
802.5225992 805.6506836 808.4883258 812.2299474 814.9654906
821.4819892 829.8318507 837.5889859 838.0108224 845.8667086
851.0169819 852.2128090 857.8745750 861.8541995 865.7489530
870.6456407
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1635
Rtb_to_modes> Number of blocs = 101
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9932E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9990E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4028
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6159
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.136
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.585
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.962
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.486
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.326
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.743
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.109
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.469
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.050
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.163
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.821
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.938
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.132
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.281
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.332
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.494
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.160
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.416
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.28
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 606 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99998 1.00002 0.99999 0.99998
1.00004 0.99998 0.99998 1.00001 0.99999
0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
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1.00000 1.00003 0.99998 1.00003 0.99999
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1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 29430 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 0.99997 1.00001 1.00000
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0.99995 1.00000 1.00001 1.00000 1.00003
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 0.99998 1.00002 0.99999 0.99998
1.00004 0.99998 0.99998 1.00001 0.99999
0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
1.00003 0.99998 1.00001 1.00003 0.99998
1.00001 0.99999 0.99996 1.00002 0.99999
1.00000 1.00003 0.99998 1.00003 0.99999
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00002
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00002
1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 0.99998
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0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000
1.00002 1.00002 0.99999 1.00001 0.99997
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0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001
0.99999 1.00001 1.00003 1.00002 0.99998
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403301542021583709.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403301542021583709.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403301542021583709.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403301542021583709.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 202
First residue number = 89
Last residue number = 324
Number of atoms found = 1635
Mean number per residue = 8.1
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9932E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9990E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4028
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6159
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.136
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.585
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.962
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.486
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.326
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.743
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.109
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.469
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.050
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.163
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.821
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.938
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.132
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.281
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.332
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.494
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.160
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.416
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.28
Bfactors> 106 vectors, 4905 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.402800
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.440 for 202 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.095 +/- 0.12
Bfactors> = 55.847 +/- 13.13
Bfactors> Shiftng-fct= 55.753
Bfactors> Scaling-fct= 111.872
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403301542021583709 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
making animated gifs
11 models are in 2403301542021583709.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403301542021583709.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403301542021583709.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403301542021583709 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
2403301542021583709.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2403301542021583709.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403301542021583709.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403301542021583709.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403301542021583709 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403301542021583709.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403301542021583709.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403301542021583709 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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making animated gifs
11 models are in 2403301542021583709.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403301542021583709.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403301542021583709.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403301542021583709 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403301542021583709.eigenfacs
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2403301542021583709.eigenfacs
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2403301542021583709.eigenfacs
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2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403301542021583709.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
2403301542021583709.eigenfacs
2403301542021583709.atom
making animated gifs
11 models are in 2403301542021583709.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403301542021583709.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403301542021583709.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2403301542021583709.10.pdb
2403301542021583709.11.pdb
2403301542021583709.7.pdb
2403301542021583709.8.pdb
2403301542021583709.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m4.662s
user 0m4.629s
sys 0m0.032s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403301542021583709.Chkmod.res: No such file or directory
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