*** test ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2404091803033170620.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2404091803033170620.atom to be opened.
Openam> File opened: 2404091803033170620.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1804
First residue number = 2
Last residue number = 452
Number of atoms found = 8915
Mean number per residue = 4.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 107.569207 +/- 22.781186 From: 53.863000 To: 163.381000
= 107.172009 +/- 20.203804 From: 64.840000 To: 151.155000
= 107.473943 +/- 24.716126 From: 53.747000 To: 163.139000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.5967 % Filled.
Pdbmat> 2134285 non-zero elements.
Pdbmat> 231240 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 51.88 +/- 12.66
Maximum number = 87
Minimum number = 17
Pdbmat> Matrix trace = 4.624800E+06
Pdbmat> Larger element = 380.972
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1804 non-zero elements, NRBL set to 10
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2404091803033170620.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 10
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2404091803033170620.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2404091803033170620.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 8915 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 10 residue(s) per block.
Blocpdb> 1804 residues.
Blocpdb> 49 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 48 atoms in block 2
Block first atom: 50
Blocpdb> 50 atoms in block 3
Block first atom: 98
Blocpdb> 49 atoms in block 4
Block first atom: 148
Blocpdb> 49 atoms in block 5
Block first atom: 197
Blocpdb> 50 atoms in block 6
Block first atom: 246
Blocpdb> 50 atoms in block 7
Block first atom: 296
Blocpdb> 50 atoms in block 8
Block first atom: 346
Blocpdb> 50 atoms in block 9
Block first atom: 396
Blocpdb> 50 atoms in block 10
Block first atom: 446
Blocpdb> 49 atoms in block 11
Block first atom: 496
Blocpdb> 50 atoms in block 12
Block first atom: 545
Blocpdb> 50 atoms in block 13
Block first atom: 595
Blocpdb> 49 atoms in block 14
Block first atom: 645
Blocpdb> 48 atoms in block 15
Block first atom: 694
Blocpdb> 50 atoms in block 16
Block first atom: 742
Blocpdb> 49 atoms in block 17
Block first atom: 792
Blocpdb> 50 atoms in block 18
Block first atom: 841
Blocpdb> 49 atoms in block 19
Block first atom: 891
Blocpdb> 50 atoms in block 20
Block first atom: 940
Blocpdb> 50 atoms in block 21
Block first atom: 990
Blocpdb> 49 atoms in block 22
Block first atom: 1040
Blocpdb> 50 atoms in block 23
Block first atom: 1089
Blocpdb> 49 atoms in block 24
Block first atom: 1139
Blocpdb> 49 atoms in block 25
Block first atom: 1188
Blocpdb> 48 atoms in block 26
Block first atom: 1237
Blocpdb> 50 atoms in block 27
Block first atom: 1285
Blocpdb> 49 atoms in block 28
Block first atom: 1335
Blocpdb> 49 atoms in block 29
Block first atom: 1384
Blocpdb> 50 atoms in block 30
Block first atom: 1433
Blocpdb> 49 atoms in block 31
Block first atom: 1483
Blocpdb> 49 atoms in block 32
Block first atom: 1532
Blocpdb> 50 atoms in block 33
Block first atom: 1581
Blocpdb> 48 atoms in block 34
Block first atom: 1631
Blocpdb> 48 atoms in block 35
Block first atom: 1679
Blocpdb> 49 atoms in block 36
Block first atom: 1727
Blocpdb> 50 atoms in block 37
Block first atom: 1776
Blocpdb> 50 atoms in block 38
Block first atom: 1826
Blocpdb> 50 atoms in block 39
Block first atom: 1876
Blocpdb> 50 atoms in block 40
Block first atom: 1926
Blocpdb> 50 atoms in block 41
Block first atom: 1976
Blocpdb> 50 atoms in block 42
Block first atom: 2026
Blocpdb> 50 atoms in block 43
Block first atom: 2076
Blocpdb> 50 atoms in block 44
Block first atom: 2126
Blocpdb> 49 atoms in block 45
Block first atom: 2176
Blocpdb> 4 atoms in block 46
Block first atom: 2225
Blocpdb> 49 atoms in block 47
Block first atom: 2229
Blocpdb> 48 atoms in block 48
Block first atom: 2278
Blocpdb> 50 atoms in block 49
Block first atom: 2326
Blocpdb> 49 atoms in block 50
Block first atom: 2376
Blocpdb> 49 atoms in block 51
Block first atom: 2425
Blocpdb> 50 atoms in block 52
Block first atom: 2474
Blocpdb> 50 atoms in block 53
Block first atom: 2524
Blocpdb> 50 atoms in block 54
Block first atom: 2574
Blocpdb> 50 atoms in block 55
Block first atom: 2624
Blocpdb> 50 atoms in block 56
Block first atom: 2674
Blocpdb> 49 atoms in block 57
Block first atom: 2724
Blocpdb> 50 atoms in block 58
Block first atom: 2773
Blocpdb> 50 atoms in block 59
Block first atom: 2823
Blocpdb> 49 atoms in block 60
Block first atom: 2873
Blocpdb> 49 atoms in block 61
Block first atom: 2922
Blocpdb> 50 atoms in block 62
Block first atom: 2971
Blocpdb> 49 atoms in block 63
Block first atom: 3021
Blocpdb> 50 atoms in block 64
Block first atom: 3070
Blocpdb> 49 atoms in block 65
Block first atom: 3120
Blocpdb> 50 atoms in block 66
Block first atom: 3169
Blocpdb> 50 atoms in block 67
Block first atom: 3219
Blocpdb> 49 atoms in block 68
Block first atom: 3269
Blocpdb> 50 atoms in block 69
Block first atom: 3318
Blocpdb> 49 atoms in block 70
Block first atom: 3368
Blocpdb> 49 atoms in block 71
Block first atom: 3417
Blocpdb> 48 atoms in block 72
Block first atom: 3466
Blocpdb> 50 atoms in block 73
Block first atom: 3514
Blocpdb> 49 atoms in block 74
Block first atom: 3564
Blocpdb> 49 atoms in block 75
Block first atom: 3613
Blocpdb> 50 atoms in block 76
Block first atom: 3662
Blocpdb> 49 atoms in block 77
Block first atom: 3712
Blocpdb> 49 atoms in block 78
Block first atom: 3761
Blocpdb> 50 atoms in block 79
Block first atom: 3810
Blocpdb> 48 atoms in block 80
Block first atom: 3860
Blocpdb> 48 atoms in block 81
Block first atom: 3908
Blocpdb> 49 atoms in block 82
Block first atom: 3956
Blocpdb> 50 atoms in block 83
Block first atom: 4005
Blocpdb> 50 atoms in block 84
Block first atom: 4055
Blocpdb> 50 atoms in block 85
Block first atom: 4105
Blocpdb> 50 atoms in block 86
Block first atom: 4155
Blocpdb> 50 atoms in block 87
Block first atom: 4205
Blocpdb> 50 atoms in block 88
Block first atom: 4255
Blocpdb> 50 atoms in block 89
Block first atom: 4305
Blocpdb> 50 atoms in block 90
Block first atom: 4355
Blocpdb> 49 atoms in block 91
Block first atom: 4405
Blocpdb> 4 atoms in block 92
Block first atom: 4454
Blocpdb> 49 atoms in block 93
Block first atom: 4458
Blocpdb> 48 atoms in block 94
Block first atom: 4507
Blocpdb> 50 atoms in block 95
Block first atom: 4555
Blocpdb> 49 atoms in block 96
Block first atom: 4605
Blocpdb> 49 atoms in block 97
Block first atom: 4654
Blocpdb> 50 atoms in block 98
Block first atom: 4703
Blocpdb> 50 atoms in block 99
Block first atom: 4753
Blocpdb> 50 atoms in block 100
Block first atom: 4803
Blocpdb> 50 atoms in block 101
Block first atom: 4853
Blocpdb> 50 atoms in block 102
Block first atom: 4903
Blocpdb> 49 atoms in block 103
Block first atom: 4953
Blocpdb> 50 atoms in block 104
Block first atom: 5002
Blocpdb> 50 atoms in block 105
Block first atom: 5052
Blocpdb> 49 atoms in block 106
Block first atom: 5102
Blocpdb> 49 atoms in block 107
Block first atom: 5151
Blocpdb> 50 atoms in block 108
Block first atom: 5200
Blocpdb> 49 atoms in block 109
Block first atom: 5250
Blocpdb> 50 atoms in block 110
Block first atom: 5299
Blocpdb> 49 atoms in block 111
Block first atom: 5349
Blocpdb> 50 atoms in block 112
Block first atom: 5398
Blocpdb> 50 atoms in block 113
Block first atom: 5448
Blocpdb> 49 atoms in block 114
Block first atom: 5498
Blocpdb> 50 atoms in block 115
Block first atom: 5547
Blocpdb> 49 atoms in block 116
Block first atom: 5597
Blocpdb> 49 atoms in block 117
Block first atom: 5646
Blocpdb> 48 atoms in block 118
Block first atom: 5695
Blocpdb> 50 atoms in block 119
Block first atom: 5743
Blocpdb> 49 atoms in block 120
Block first atom: 5793
Blocpdb> 49 atoms in block 121
Block first atom: 5842
Blocpdb> 50 atoms in block 122
Block first atom: 5891
Blocpdb> 49 atoms in block 123
Block first atom: 5941
Blocpdb> 49 atoms in block 124
Block first atom: 5990
Blocpdb> 50 atoms in block 125
Block first atom: 6039
Blocpdb> 48 atoms in block 126
Block first atom: 6089
Blocpdb> 48 atoms in block 127
Block first atom: 6137
Blocpdb> 49 atoms in block 128
Block first atom: 6185
Blocpdb> 50 atoms in block 129
Block first atom: 6234
Blocpdb> 50 atoms in block 130
Block first atom: 6284
Blocpdb> 50 atoms in block 131
Block first atom: 6334
Blocpdb> 50 atoms in block 132
Block first atom: 6384
Blocpdb> 50 atoms in block 133
Block first atom: 6434
Blocpdb> 50 atoms in block 134
Block first atom: 6484
Blocpdb> 50 atoms in block 135
Block first atom: 6534
Blocpdb> 50 atoms in block 136
Block first atom: 6584
Blocpdb> 49 atoms in block 137
Block first atom: 6634
Blocpdb> 4 atoms in block 138
Block first atom: 6683
Blocpdb> 49 atoms in block 139
Block first atom: 6687
Blocpdb> 48 atoms in block 140
Block first atom: 6736
Blocpdb> 50 atoms in block 141
Block first atom: 6784
Blocpdb> 49 atoms in block 142
Block first atom: 6834
Blocpdb> 49 atoms in block 143
Block first atom: 6883
Blocpdb> 50 atoms in block 144
Block first atom: 6932
Blocpdb> 50 atoms in block 145
Block first atom: 6982
Blocpdb> 50 atoms in block 146
Block first atom: 7032
Blocpdb> 50 atoms in block 147
Block first atom: 7082
Blocpdb> 50 atoms in block 148
Block first atom: 7132
Blocpdb> 49 atoms in block 149
Block first atom: 7182
Blocpdb> 50 atoms in block 150
Block first atom: 7231
Blocpdb> 50 atoms in block 151
Block first atom: 7281
Blocpdb> 49 atoms in block 152
Block first atom: 7331
Blocpdb> 49 atoms in block 153
Block first atom: 7380
Blocpdb> 50 atoms in block 154
Block first atom: 7429
Blocpdb> 49 atoms in block 155
Block first atom: 7479
Blocpdb> 50 atoms in block 156
Block first atom: 7528
Blocpdb> 49 atoms in block 157
Block first atom: 7578
Blocpdb> 50 atoms in block 158
Block first atom: 7627
Blocpdb> 50 atoms in block 159
Block first atom: 7677
Blocpdb> 49 atoms in block 160
Block first atom: 7727
Blocpdb> 50 atoms in block 161
Block first atom: 7776
Blocpdb> 49 atoms in block 162
Block first atom: 7826
Blocpdb> 49 atoms in block 163
Block first atom: 7875
Blocpdb> 48 atoms in block 164
Block first atom: 7924
Blocpdb> 50 atoms in block 165
Block first atom: 7972
Blocpdb> 49 atoms in block 166
Block first atom: 8022
Blocpdb> 49 atoms in block 167
Block first atom: 8071
Blocpdb> 50 atoms in block 168
Block first atom: 8120
Blocpdb> 49 atoms in block 169
Block first atom: 8170
Blocpdb> 49 atoms in block 170
Block first atom: 8219
Blocpdb> 50 atoms in block 171
Block first atom: 8268
Blocpdb> 48 atoms in block 172
Block first atom: 8318
Blocpdb> 48 atoms in block 173
Block first atom: 8366
Blocpdb> 49 atoms in block 174
Block first atom: 8414
Blocpdb> 50 atoms in block 175
Block first atom: 8463
Blocpdb> 50 atoms in block 176
Block first atom: 8513
Blocpdb> 50 atoms in block 177
Block first atom: 8563
Blocpdb> 50 atoms in block 178
Block first atom: 8613
Blocpdb> 50 atoms in block 179
Block first atom: 8663
Blocpdb> 50 atoms in block 180
Block first atom: 8713
Blocpdb> 50 atoms in block 181
Block first atom: 8763
Blocpdb> 50 atoms in block 182
Block first atom: 8813
Blocpdb> 49 atoms in block 183
Block first atom: 8863
Blocpdb> 4 atoms in block 184
Block first atom: 8911
Blocpdb> 184 blocks.
Blocpdb> At most, 50 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2134469 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 26745
Prepmat> Matrix trace = 4624800.0000
Prepmat> Last element read: 26745 26745 13.1013
Prepmat> 17021 lines saved.
Prepmat> 16004 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 8915
RTB> Total mass = 8915.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 8915
RTB> Number of blocks = 184
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 93348.8498
RTB> 33816 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1104
Diagstd> Nb of non-zero elements: 33816
Diagstd> Projected matrix trace = 93348.8498
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1104 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 93348.8498
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0112634 0.0202596 0.0373913 0.0555909
0.0691239 0.0829635 0.0891693 0.1156604 0.1421463
0.1657951 0.2183924 0.2350341 0.2498922 0.3038989
0.3230761 0.3830733 0.4247672 0.4750162 0.5500250
0.6114309 0.6382496 0.7014303 0.7431664 0.8043909
0.9258178 1.0546432 1.1186544 1.2161042 1.3120288
1.4536710 1.5705651 1.8444752 1.9630017 2.0117252
2.0484040 2.2394486 2.3612442 2.3909689 2.5165124
2.5321336 2.6368701 2.7670572 2.8666888 3.0340836
3.1183676 3.2702228 3.3980707 3.6415176 3.7434477
4.1061377 4.1719819 4.2522357 4.4408802 4.5843902
4.6032353 4.7210601 4.9615114 5.0120576 5.2211900
5.2411318 5.4290043 5.6222777 5.6782287 5.7211509
5.8709802 5.9155584 6.0517375 6.1666202 6.2130035
6.5385695 6.7617218 6.9872608 7.0503876 7.1635145
7.2347301 7.5595477 7.6511501 7.7261083 7.8355081
7.9837702 8.0507678 8.1378843 8.3400211 8.3657184
8.5437335 8.7110179 8.7727503 8.7881542 8.8330456
8.9277550 9.0110948 9.1633587 9.1995206 9.3620114
9.4516179 9.5057053 9.6897376 9.7871438 9.8479605
10.0575411
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034336 0.0034337 0.0034339 0.0034340 0.0034340
0.0034340 11.5247253 15.4564929 20.9981302 25.6033675
28.5502189 31.2779901 32.4267175 36.9307049 40.9414343
44.2161709 50.7474283 52.6454327 54.2839725 59.8631875
61.7230993 67.2103610 70.7735126 74.8427089 80.5353405
84.9119791 86.7542123 90.9468229 93.6134633 97.3932505
104.4859866 111.5187948 114.8532393 119.7514185 124.3847001
130.9267371 136.0890705 147.4795129 152.1442746 154.0208841
155.4186327 162.5046654 166.8651858 167.9121983 172.2641143
172.7979516 176.3354579 180.6360166 183.8592793 189.1511796
191.7604032 196.3739843 200.1757605 207.2222983 210.1024743
220.0452674 221.8025257 223.9257021 228.8388771 232.5070199
232.9844136 235.9473188 241.8812915 243.1102710 248.1304296
248.6038337 253.0203029 257.4846984 258.7627281 259.7388913
263.1180166 264.1150514 267.1377855 269.6614606 270.6737124
277.6749176 282.3734943 287.0441878 288.3379306 290.6419862
292.0831116 298.5679490 300.3714423 301.8392251 303.9686968
306.8310416 308.1157726 309.7783320 313.6020235 314.0847865
317.4089191 320.5012538 321.6348982 321.9171500 322.7383076
324.4639203 325.9748248 328.7173471 329.3653274 332.2613787
333.8476766 334.8015447 338.0269195 339.7216808 340.7755511
344.3825897
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 8915
Rtb_to_modes> Number of blocs = 184
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9978E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.867
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.584
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.721
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.962
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.721
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.871
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.916
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.164
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.651
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.726
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.836
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.984
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.051
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.366
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.788
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.833
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.928
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.011
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.163
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.200
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.362
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.452
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.506
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.690
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.787
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.848
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.06
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1104 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
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1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002
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1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001
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1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 160470 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001
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1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998
1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 0.99998
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0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 1.00001
1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2404091803033170620.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2404091803033170620.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2404091803033170620.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2404091803033170620.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1804
First residue number = 2
Last residue number = 452
Number of atoms found = 8915
Mean number per residue = 4.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9978E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9983E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.1263E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.0260E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.5591E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.9124E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.9169E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1157
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2184
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7014
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8044
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9258
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.055
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.119
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.216
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.312
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.454
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.571
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.844
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.963
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.012
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.048
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.239
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.361
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.391
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.517
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.767
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.867
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.118
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.270
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.398
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.642
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.743
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.106
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.172
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.441
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.584
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.603
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.721
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.962
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.012
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.221
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.241
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.429
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.622
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.678
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.721
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.871
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.916
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.052
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.167
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.213
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.539
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.762
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.987
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.050
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.164
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.235
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.560
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.651
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.726
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.836
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.984
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.051
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.138
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.340
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.366
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.544
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.711
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.773
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.788
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.833
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.928
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.011
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.163
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.200
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.362
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.452
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.506
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.690
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.787
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.848
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.06
Bfactors> 106 vectors, 26745 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.011263
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.519 +/- 0.55
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.519
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2404091803033170620.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2404091803033170620.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2404091803033170620.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2404091803033170620.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2404091803033170620.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2404091803033170620.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 11.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 15.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 21.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 25.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 31.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 32.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 36.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 40.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 44.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 50.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 52.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 54.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 59.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 61.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 67.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 70.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 74.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 84.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 86.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 97.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 111.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 114.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 124.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 136.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 162.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 167.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 172.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 172.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 176.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 183.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 189.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 191.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 196.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 221.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 232.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 233.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 235.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 241.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 269.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 288.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 300.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 306.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 314.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 322.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 324.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 326.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 328.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 329.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 333.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 340.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.4
Projmod> 106 vectors, 26745 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1804
First residue number = 2
Last residue number = 452
Number of atoms found = 8915
Mean number per residue = 4.9
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1804
First residue number = 2
Last residue number = 452
Number of atoms found = 29052
Mean number per residue = 16.1
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Er> Atom 306 of first conformer: HIS 64 N not found in second one.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2404091803033170620 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2404091803033170620.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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2404091803033170620.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 451 17.258
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 451 17.222
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 451 17.190
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 451 17.162
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 451 17.137
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MODEL 8 MODE=7 DQ=40 451 17.084
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MODEL 10 MODE=7 DQ=80 451 17.068
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 451 17.065
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2404091803033170620 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 451 17.069
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 451 17.078
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 451 17.087
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 451 17.097
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 451 17.106
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 451 17.116
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 451 17.125
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 451 17.135
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 451 17.145
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 451 17.155
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 451 17.165
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2404091803033170620 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404091803033170620.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404091803033170620.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 451 17.228
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 451 17.205
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 451 17.182
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 451 17.159
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 451 17.137
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 451 17.116
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 451 17.094
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 451 17.073
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 451 17.053
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 451 17.033
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 451 17.013
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2404091803033170620 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404091803033170620.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 451 17.347
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 451 17.299
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 451 17.251
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 451 17.205
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 451 17.160
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 451 17.116
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 451 17.073
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 451 17.031
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 451 16.991
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 451 16.951
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 451 16.913
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2404091803033170620 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404091803033170620.eigenfacs
2404091803033170620.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404091803033170620.eigenfacs
2404091803033170620.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404091803033170620.eigenfacs
2404091803033170620.atom
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2404091803033170620.eigenfacs
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2404091803033170620.eigenfacs
2404091803033170620.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404091803033170620.eigenfacs
2404091803033170620.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404091803033170620.eigenfacs
2404091803033170620.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404091803033170620.eigenfacs
2404091803033170620.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404091803033170620.eigenfacs
2404091803033170620.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404091803033170620.eigenfacs
2404091803033170620.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404091803033170620.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2404091803033170620.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404091803033170620.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404091803033170620.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 451 17.229
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 451 17.204
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 451 17.181
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 451 17.158
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 451 17.136
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 451 17.116
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 451 17.096
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 451 17.077
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 451 17.059
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 451 17.043
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 451 17.027
2404091803033170620.10.pdb
2404091803033170620.11.pdb
2404091803033170620.7.pdb
2404091803033170620.8.pdb
2404091803033170620.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m43.445s
user 0m43.128s
sys 0m0.108s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2404091803033170620.Chkmod.res: No such file or directory
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