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***  PlanNO.1model2-TLR4-MD2-model1  ***

CA distance fluctuations for 2401150617381117738

---  normal mode 9  ---

This matrix displays the maximum distance fluctuations between all pairs of CA atoms and between the two extreme conformations that were computed for this mode (DQMIN/DQMAX). Distance increases are plotted in blue and decreases in red for the strongest 10% of the residue pair distance changes. Every pixel corresponds to a single residue. Grey lines are drawn every 10 residues, yellow lines every 100 residues (counting from the upper left corner).

The following table indicates for every residue the two corresponding residues with the strongest CA distance fluctuations.

[HELP on distance fluctuations]

GD ok
largest increasereflargest decrease
PRO 231 0.07 PRO 1 -0.09 LYS 173
PRO 231 0.07 CYS 2 -0.09 ALA 178
PRO 231 0.07 ILE 3 -0.09 ALA 178
PRO 231 0.07 GLU 4 -0.08 ALA 178
PRO 231 0.08 VAL 5 -0.08 ALA 178
PRO 231 0.08 VAL 6 -0.08 ALA 178
LYS 230 0.07 PRO 7 -0.08 ALA 178
LYS 230 0.07 ASN 8 -0.08 ALA 178
LYS 230 0.07 ILE 9 -0.08 ALA 178
LYS 230 0.08 THR 10 -0.08 ALA 178
PRO 231 0.08 TYR 11 -0.08 ALA 178
PRO 231 0.08 GLN 12 -0.08 ALA 178
PRO 231 0.08 CYS 13 -0.09 ALA 178
PRO 231 0.08 MET 14 -0.09 ALA 178
PRO 231 0.08 ASP 15 -0.09 ALA 178
PRO 231 0.08 GLN 16 -0.10 LYS 173
PRO 231 0.07 LYS 17 -0.10 LYS 173
PRO 231 0.07 LEU 18 -0.10 LYS 173
PRO 231 0.07 SER 19 -0.10 LYS 173
PRO 231 0.07 LYS 20 -0.09 LYS 173
PRO 231 0.07 VAL 21 -0.09 LYS 173
PRO 231 0.07 PRO 22 -0.09 LYS 173
LYS 230 0.06 ASP 23 -0.09 LYS 173
LYS 230 0.06 ASP 24 -0.09 LYS 173
LYS 230 0.07 ILE 25 -0.08 ALA 178
LYS 230 0.07 PRO 26 -0.08 ALA 178
LYS 230 0.07 SER 27 -0.07 ALA 178
LYS 230 0.07 SER 28 -0.07 ALA 178
LYS 230 0.07 THR 29 -0.07 ALA 178
LYS 230 0.08 LYS 30 -0.07 ALA 181
LYS 230 0.08 ASN 31 -0.07 ALA 183
PRO 231 0.08 ILE 32 -0.08 ALA 178
PRO 231 0.09 ASP 33 -0.08 ALA 183
PRO 231 0.08 LEU 34 -0.08 ALA 178
PRO 231 0.09 SER 35 -0.08 ALA 183
PRO 231 0.09 PHE 36 -0.09 ALA 183
PRO 231 0.08 ASN 37 -0.09 LYS 173
PRO 231 0.08 PRO 38 -0.09 LYS 173
PRO 231 0.08 LEU 39 -0.09 LYS 173
PRO 231 0.08 LYS 40 -0.09 LYS 173
LYS 230 0.08 ILE 41 -0.08 LYS 173
LYS 230 0.08 LEU 42 -0.08 LYS 173
LYS 230 0.07 LYS 43 -0.08 LYS 173
LYS 230 0.07 SER 44 -0.08 LYS 173
LYS 230 0.07 TYR 45 -0.08 LYS 173
LYS 230 0.07 SER 46 -0.08 LYS 173
LYS 230 0.07 PHE 47 -0.08 LYS 173
LYS 230 0.07 SER 48 -0.07 LYS 173
LYS 230 0.07 ASN 49 -0.08 LYS 173
LYS 230 0.07 PHE 50 -0.07 LYS 173
LYS 230 0.07 SER 51 -0.07 ALA 178
LYS 230 0.08 GLU 52 -0.07 ALA 178
LYS 230 0.08 LEU 53 -0.07 ALA 178
LYS 230 0.08 GLN 54 -0.07 ALA 183
LYS 230 0.09 TRP 55 -0.07 ALA 183
LYS 230 0.09 LEU 56 -0.07 ALA 183
PRO 231 0.09 ASP 57 -0.08 ALA 183
PRO 231 0.09 LEU 58 -0.08 ALA 183
PRO 231 0.09 SER 59 -0.08 ALA 183
PRO 231 0.09 ARG 60 -0.08 ALA 183
PRO 231 0.09 CYS 61 -0.08 LYS 173
PRO 231 0.09 GLU 62 -0.09 LYS 173
PRO 231 0.08 ILE 63 -0.08 LYS 173
SER 227 0.08 GLU 64 -0.08 ALA 170
SER 227 0.08 THR 65 -0.08 ALA 170
SER 227 0.08 ILE 66 -0.07 LYS 173
SER 227 0.08 GLU 67 -0.08 LYS 173
SER 227 0.08 ASP 68 -0.07 LYS 173
LYS 230 0.08 LYS 69 -0.07 LYS 173
LYS 230 0.08 ALA 70 -0.07 LYS 173
LYS 230 0.08 TRP 71 -0.07 LYS 173
LYS 230 0.07 HIS 72 -0.07 LYS 173
LYS 230 0.07 GLY 73 -0.07 LYS 173
LYS 230 0.08 LEU 74 -0.07 LYS 173
LYS 230 0.08 HIS 75 -0.06 LYS 173
LYS 230 0.08 HIS 76 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.08 LEU 77 -0.07 ALA 183
LYS 230 0.09 SER 78 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.09 ASN 79 -0.07 ALA 183
LYS 230 0.09 LEU 80 -0.07 ALA 183
LYS 230 0.09 ILE 81 -0.07 ALA 183
LYS 230 0.09 LEU 82 -0.07 ALA 183
PRO 231 0.10 THR 83 -0.07 ALA 183
PRO 231 0.10 GLY 84 -0.08 ALA 183
PRO 231 0.09 ASN 85 -0.08 ALA 183
SER 227 0.09 PRO 86 -0.08 ALA 183
SER 227 0.09 ILE 87 -0.07 ALA 170
SER 227 0.09 GLN 88 -0.07 ALA 183
SER 227 0.09 SER 89 -0.07 ALA 170
SER 227 0.09 PHE 90 -0.06 ALA 170
SER 227 0.09 SER 91 -0.07 ALA 170
SER 227 0.08 PRO 92 -0.06 ALA 170
SER 227 0.08 GLY 93 -0.06 LYS 173
SER 227 0.08 SER 94 -0.07 LYS 173
LYS 230 0.09 PHE 95 -0.06 LYS 173
LYS 230 0.08 SER 96 -0.06 LYS 173
LYS 230 0.08 GLY 97 -0.06 LYS 173
LYS 230 0.08 LEU 98 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.08 THR 99 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.09 SER 100 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.09 LEU 101 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.10 GLU 102 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.10 ASN 103 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.10 LEU 104 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.10 VAL 105 -0.07 ALA 183
LYS 230 0.10 ALA 106 -0.07 ALA 183
LYS 230 0.10 VAL 107 -0.07 ALA 183
SER 227 0.10 GLU 108 -0.07 ALA 183
SER 227 0.10 THR 109 -0.07 ALA 183
SER 227 0.10 LYS 110 -0.07 ALA 183
SER 227 0.10 LEU 111 -0.06 ALA 183
SER 227 0.10 ALA 112 -0.06 LYS 185
SER 227 0.10 SER 113 -0.06 LYS 185
SER 227 0.10 LEU 114 -0.06 LYS 185
SER 227 0.10 GLU 115 -0.05 LYS 185
SER 227 0.09 SER 116 -0.06 ALA 183
SER 227 0.09 PHE 117 -0.06 ALA 183
SER 227 0.09 PRO 118 -0.06 ALA 183
SER 227 0.09 ILE 119 -0.06 ALA 183
SER 227 0.09 GLY 120 -0.05 ALA 183
SER 228 0.09 GLN 121 -0.05 ALA 183
LYS 230 0.09 LEU 122 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.09 ILE 123 -0.05 ALA 183
LYS 230 0.09 THR 124 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.10 LEU 125 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.10 LYS 126 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.10 LYS 127 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.10 LEU 128 -0.06 ALA 183
LYS 230 0.11 ASN 129 -0.06 ALA 183
SER 227 0.11 VAL 130 -0.06 ALA 183
SER 227 0.11 ALA 131 -0.06 LYS 185
SER 227 0.11 HIS 132 -0.07 LYS 185
SER 227 0.11 ASN 133 -0.07 LYS 185
SER 227 0.11 PHE 134 -0.06 LYS 185
SER 227 0.11 ILE 135 -0.06 LYS 185
SER 227 0.11 HIS 136 -0.06 LYS 185
SER 227 0.11 SER 137 -0.05 LYS 185
SER 227 0.11 CYS 138 -0.05 LYS 185
SER 227 0.11 LYS 139 -0.05 LYS 185
SER 227 0.11 LEU 140 -0.05 LYS 185
SER 227 0.10 PRO 141 -0.05 LYS 185
SER 227 0.10 ALA 142 -0.05 LYS 185
SER 227 0.10 TYR 143 -0.05 ALA 183
SER 227 0.10 PHE 144 -0.05 LYS 185
SER 228 0.10 SER 145 -0.05 LYS 185
SER 228 0.09 ASN 146 -0.05 ALA 183
SER 228 0.10 LEU 147 -0.05 ALA 183
SER 228 0.10 THR 148 -0.05 ALA 183
LYS 230 0.10 ASN 149 -0.05 ALA 183
LYS 230 0.10 LEU 150 -0.05 ALA 183
LYS 230 0.11 VAL 151 -0.05 LYS 185
LYS 230 0.11 HIS 152 -0.06 LYS 185
LYS 230 0.11 VAL 153 -0.06 LYS 185
LYS 230 0.11 ASP 154 -0.06 LYS 185
SER 227 0.11 LEU 155 -0.06 LYS 185
SER 227 0.12 SER 156 -0.06 LYS 185
SER 227 0.12 TYR 157 -0.07 LYS 185
SER 227 0.12 ASN 158 -0.06 LYS 185
SER 227 0.12 TYR 159 -0.06 LYS 185
SER 227 0.12 ILE 160 -0.05 LYS 185
SER 227 0.12 GLN 161 -0.05 LYS 185
SER 227 0.12 THR 162 -0.05 LYS 185
SER 227 0.12 ILE 163 -0.05 LYS 185
SER 227 0.12 THR 164 -0.04 LYS 185
SER 227 0.11 VAL 165 -0.04 LYS 185
SER 227 0.11 ASN 166 -0.04 LYS 185
SER 227 0.11 ASP 167 -0.05 LYS 185
SER 227 0.11 LEU 168 -0.04 LYS 185
SER 227 0.11 GLN 169 -0.04 LYS 185
SER 227 0.11 PHE 170 -0.04 LYS 185
SER 227 0.11 LEU 171 -0.04 LYS 185
SER 227 0.11 ARG 172 -0.04 LYS 185
SER 227 0.10 GLU 173 -0.04 LYS 185
SER 228 0.10 ASN 174 -0.04 LYS 185
SER 228 0.11 PRO 175 -0.04 LYS 185
SER 228 0.11 GLN 176 -0.04 LYS 185
SER 228 0.11 VAL 177 -0.05 LYS 185
SER 228 0.11 ASN 178 -0.05 LYS 185
SER 228 0.11 LEU 179 -0.05 LYS 185
SER 228 0.12 SER 180 -0.05 LYS 185
SER 227 0.12 LEU 181 -0.05 LYS 185
SER 227 0.12 ASP 182 -0.06 LYS 185
SER 227 0.12 MET 183 -0.06 LYS 185
SER 227 0.13 SER 184 -0.06 LYS 185
SER 227 0.13 LEU 185 -0.06 LYS 185
SER 227 0.13 ASN 186 -0.06 LYS 185
SER 227 0.13 PRO 187 -0.06 LYS 185
SER 227 0.13 ILE 188 -0.05 LYS 185
SER 227 0.13 ASP 189 -0.05 LYS 185
SER 227 0.13 PHE 190 -0.04 LYS 185
SER 227 0.13 ILE 191 -0.04 LYS 185
SER 227 0.12 GLN 192 -0.04 LYS 185
SER 227 0.12 ASP 193 -0.04 LYS 185
SER 227 0.12 GLN 194 -0.04 LYS 185
SER 227 0.12 ALA 195 -0.04 LYS 185
SER 227 0.12 PHE 196 -0.04 LYS 185
SER 227 0.12 GLN 197 -0.04 LYS 185
SER 227 0.12 GLY 198 -0.04 LYS 185
SER 227 0.12 ILE 199 -0.04 LYS 185
SER 228 0.12 LYS 200 -0.04 LYS 185
SER 228 0.12 LEU 201 -0.05 LYS 185
SER 228 0.12 HIS 202 -0.05 LYS 185
SER 228 0.12 GLU 203 -0.05 LYS 185
SER 227 0.13 LEU 204 -0.05 LYS 185
SER 227 0.13 THR 205 -0.05 LYS 185
SER 227 0.13 LEU 206 -0.05 LYS 185
SER 227 0.14 ARG 207 -0.06 LYS 185
SER 227 0.14 GLY 208 -0.06 LYS 185
SER 227 0.14 ASN 209 -0.06 LYS 185
SER 227 0.14 PHE 210 -0.05 LYS 185
SER 227 0.14 ASN 211 -0.05 LYS 185
SER 227 0.15 SER 212 -0.05 LYS 185
SER 227 0.15 SER 213 -0.05 LYS 185
SER 227 0.15 ASN 214 -0.04 LYS 185
SER 227 0.14 ILE 215 -0.04 LYS 185
SER 227 0.14 MET 216 -0.04 LYS 185
SER 227 0.15 LYS 217 -0.04 LYS 185
SER 227 0.14 THR 218 -0.04 LYS 185
SER 227 0.14 CYS 219 -0.04 LYS 185
SER 227 0.14 LEU 220 -0.04 LYS 185
SER 227 0.14 GLN 221 -0.04 LYS 185
SER 227 0.13 ASN 222 -0.04 LYS 185
SER 227 0.13 LEU 223 -0.04 LYS 185
SER 227 0.13 ALA 224 -0.04 LYS 185
SER 227 0.13 GLY 225 -0.04 LYS 185
SER 227 0.13 LEU 226 -0.04 LYS 185
SER 227 0.12 HIS 227 -0.04 LYS 185
SER 228 0.13 VAL 228 -0.04 LYS 185
SER 228 0.13 HIS 229 -0.05 LYS 185
SER 228 0.13 ARG 230 -0.05 LYS 185
SER 227 0.14 LEU 231 -0.05 LYS 185
SER 227 0.14 ILE 232 -0.05 LYS 185
SER 227 0.14 LEU 233 -0.05 LYS 185
SER 227 0.15 GLY 234 -0.06 LYS 185
SER 227 0.15 GLU 235 -0.06 LYS 185
SER 227 0.15 PHE 236 -0.07 LYS 185
PRO 231 0.15 LYS 237 -0.07 LYS 185
SER 227 0.14 ASP 238 -0.07 LYS 185
SER 227 0.14 GLU 239 -0.07 LYS 185
SER 227 0.14 ARG 240 -0.06 LYS 185
SER 227 0.15 ASN 241 -0.06 LYS 185
SER 227 0.16 LEU 242 -0.06 LYS 185
SER 227 0.16 GLU 243 -0.05 LYS 185
SER 227 0.17 ILE 244 -0.05 LYS 185
SER 227 0.17 PHE 245 -0.05 LYS 185
SER 227 0.17 GLU 246 -0.04 LYS 185
SER 227 0.17 PRO 247 -0.04 LYS 185
SER 227 0.16 SER 248 -0.04 LYS 185
SER 227 0.16 ILE 249 -0.04 LYS 185
SER 227 0.15 MET 250 -0.04 LYS 185
SER 227 0.15 GLU 251 -0.04 LYS 185
SER 227 0.14 GLY 252 -0.04 LYS 185
SER 227 0.14 LEU 253 -0.04 LYS 185
SER 227 0.14 CYS 254 -0.04 LYS 185
SER 227 0.14 ASP 255 -0.03 LYS 185
SER 227 0.13 VAL 256 -0.04 LYS 185
SER 227 0.13 THR 257 -0.04 LYS 185
SER 228 0.14 ILE 258 -0.04 LYS 185
SER 228 0.13 ASP 259 -0.04 LYS 185
SER 228 0.14 GLU 260 -0.05 LYS 185
SER 228 0.14 PHE 261 -0.05 LYS 185
SER 228 0.15 ARG 262 -0.05 LYS 185
SER 227 0.15 LEU 263 -0.05 LYS 185
LYS 230 0.15 THR 264 -0.06 LYS 185
SER 227 0.16 TYR 265 -0.06 LYS 185
SER 227 0.16 THR 266 -0.06 LYS 185
SER 227 0.17 ASN 267 -0.06 LYS 185
SER 227 0.18 ASP 268 -0.05 LYS 185
SER 227 0.18 PHE 269 -0.05 LYS 185
SER 227 0.19 SER 270 -0.05 LYS 185
SER 227 0.19 ASP 271 -0.05 LYS 185
SER 227 0.18 ASP 272 -0.04 LYS 185
SER 227 0.17 ILE 273 -0.04 LYS 185
SER 227 0.17 VAL 274 -0.04 LYS 185
SER 227 0.17 LYS 275 -0.04 LYS 185
SER 227 0.17 PHE 276 -0.04 LYS 185
SER 227 0.16 HIS 277 -0.03 LYS 185
SER 227 0.15 CYS 278 -0.04 LYS 185
SER 227 0.15 LEU 279 -0.04 LYS 185
SER 227 0.15 ALA 280 -0.04 LYS 185
SER 228 0.15 ASN 281 -0.04 LYS 185
SER 228 0.14 VAL 282 -0.04 LYS 185
SER 228 0.14 SER 283 -0.04 LYS 185
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