アミノ酸指標のクラスター解析
○富井健太郎、 緒方博之、 金久實（京大・化研）
Cluster Analysis of Amino Acid Indices
K. Tomii, H. Ogata, M. Kanehisa
蛋白質の立体構造構築原理の解明、さらには構造予測実
現のためには、２０種類のアミノ酸残基の性質と蛋白質の
立体構造との相関を明らかにすることが必要である。これ
までに多くの研究者により実験的に、理論的に、あるいは
統計解析的にアミノ酸残基の性質を数値化した指標が多数
発表されてきている。我々は継続的にそれらをデータベー
ス化してきた（アミノ酸指標データベース：AAIndex）。
Nakai らは各指標をノードとする最小全域木を作成し解析
を行ない、アミノ酸指標は４つの主要なクラスターに分か
れることを示した。現在、データベースは倍増し、論文数
で１０９、指標数では４０２となっている。我々は蓄積さ
れたデータから新たな知見を得るべく、また多くの研究者
がデータベースを容易に利用できるようにするために、
Nakaiらと同様の手法により現在までに登録されたデータを
解析した。その結果をふまえて代表的な指標を明らかにす
るとともに、クラスター間の相互関係が把握しやすい形に
整理した。さらに別の解析手法として主成分分析を行ない、
最小全域木による解析との比較を行った。
解析の結果得られた興味深い知見の一つとして、β傾向
性指標とKier の graph-based shape index及び疎水性指標との
高い相関が挙げられる。これに関しては、βシート安定化
に関する Bai らの研究をふまえて議論する。
なお、アミノ酸指標データベースはanonymous ftp
(ftp.genome.ad.jp) により入手可能であるので利用して頂きたい。