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Matthieu Legendre


Chargé de Recherche CNRS

Tel : +33 4 91 82 54 31

E-mail:Matthieu.Legendre@igs.cnrs-mrs.fr

Sujets:

Ma thématique principale de recherche tourne autour des virus géants, de leur histoire évolutive, de leur contenu et régulation génique, ainsi que des interactions avec leur hôte cellulaire.

  • D’où viennent ces virus étranges ?
  • Pourquoi leurs génomes sont-ils si complexes ?
  • Comment leurs multiples gènes sont-ils exprimés au cours du cycle infectieux ?

Voici les grandes questions auxquelles je tente de répondre.

Pour étudier ces virus je m’appuie sur des méthodes d’analyse bioinformatique des données de séquençage à haut débit (dites NGS). Un large panel de données "omique" et de méthodes d’analyse me permettent d’aborder l’étude de ces virus :

  • La génomique (assemblage, annotation) donne accès aux séquences complètes des génomes viraux
  • La génomique comparative et les méthodes d’analyse et de reconstruction phylogénique donnent des indices sur leur trajectoire évolutive
  • L’analyse des profils d’expression de leurs gènes et des éléments qui contrôlent leur régulation
    • au niveau du transcriptome par RNA-seq
    • au niveau du protéome par spectrométrie de masse
  • Les modifications épigénétiques globales de l’ADN (la méthylation notamment).

L’analyse et l’intégration de ces nombreuses données me permettent d’interagir avec les expérimentalistes du laboratoire et d’élaborer ensemble des hypothèses sur la biologie de ces virus.



Publications:
  1. Fabre E, Jeudy S, Santini S, Legendre M, Trauchessec M, Couté Y, Claverie JM, Abergel C (2017) Noumeavirus replication relies on a transient remote control of the host nucleus. Nat Commun.8 ;:15087,2017 Apr 21 - PMID:28429720

  2. Gallot-Lavallée L, Pagarete A, Legendre M, Santini S, Sandaa RA, Himmelbauer H, Ogata H, Bratbak G, Claverie JM (2015) The 474-Kilobase-Pair Complete Genome Sequence of CeV-01B, a Virus Infecting Haptolina (Chrysochromulina) ericina (Prymnesiophyceae). Genome Announc.3 ;6 :,2015 dec - PMID:26634761

  3. Abergel C, Legendre M, Claverie JM (2015) The rapidly expanding universe of giant viruses: Mimivirus, Pandoravirus, Pithovirus and Mollivirus. FEMS Microbiol Rev. ; :,2015 Sep 20 - PMID:26391910

  4. Legendre M, Lartigue A, Bertaux L, Jeudy S, Bartoli J, Lescot M, Alempic JM, Ramus C, Bruley C, Labadie K, Shmakova L, Rivkina E, Couté Y, Abergel C, Claverie JM (2015) In-depth study of Mollivirus sibericum, a new 30,000-y-old giant virus infecting Acanthamoeba. Proc Natl Acad Sci U S A. ; :,2015 Sep 8 - PMID:26351664

  5. Gemayel R, Chavali S, Pougach K, Legendre M, Zhu B, Boeynaems S, van der Zande E, Gevaert K, Rousseau F, Schymkowitz J, Babu MM, Verstrepen KJ (2015) Variable Glutamine-Rich Repeats Modulate Transcription Factor Activity. Mol Cell. ; :,2015 Aug 5 - PMID:26257283

  6. Legendre M, Bartoli J, Shmakova L, Jeudy S, Labadie K, Adrait A, Lescot M, Poirot O, Bertaux L, Bruley C, Couté Y, Rivkina E, Abergel C, Claverie JM (2014) Thirty-thousand-year-old distant relative of giant icosahedral DNA viruses with a pandoravirus morphology. Proc Natl Acad Sci U S A. ;111 (11) : 4274–4279,2014 Mar 3 - PMID:24591590

  7. Szpara ML, Gatherer D, Ochoa A, Greenbaum B, Dolan A, Bowden RJ, Enquist LW, Legendre M, Davison AJ (2013) Evolution and Diversity in Human Herpes Simplex Virus Genomes. J Virol. ; :,2013 Nov 13 - PMID:24227835

  8. Philippe N, Legendre M, Doutre G, Couté Y, Poirot O, Lescot M, Arslan D, Seltzer V, Bertaux L, Bruley C, Garin J, Claverie JM, Abergel C (2013) Pandoraviruses: amoeba viruses with genomes up to 2.5 Mb reaching that of parasitic eukaryotes. Science.341 ;6143:281-6,2013 Jul 19 - PMID:23869018

  9. Jeudy S, Abergel C, Claverie JM, Legendre M (2012) Translation in giant viruses: a unique mixture of bacterial and eukaryotic termination schemes. PLoS Genet.8 ;12:e1003122,2012 Dec  - PMID:23271980

  10. Undurraga SF, Press MO, Legendre M, Bujdoso N, Bale J, Wang H, Davis SJ, Verstrepen KJ, Queitsch C (2012) Background-dependent effects of polyglutamine variation in the Arabidopsis thaliana gene ELF3. Proc Natl Acad Sci U S A. ; :,2012 Nov 5 - PMID:23129635

  11. Legendre M, Arslan D, Abergel C, Claverie JM (2012) Genomics of Megavirus and the elusive fourth domain of Life. Commun Integr Biol.5 ;1:102-6,2012 Jan 1 - PMID:22482024

  12. Arslan D, Legendre M, Seltzer V, Abergel C, Claverie JM (2011) Distant Mimivirus relative with a larger genome highlights the fundamental features of Megaviridae. Proc Natl Acad Sci U S A.108 ;42:17486-91,2011 Oct 18 - PMID:21987820

  13. Szpara ML, Tafuri YR, Parsons L, Shamim SR, Verstrepen KJ, Legendre M, Enquist LW (2011) A wide extent of inter-strain diversity in virulent and vaccine strains of alphaherpesviruses. PLoS Pathog.7 ;10:e1002282,2011 Oct  - PMID:22022263

  14. Legendre M, Santini S, Rico A, Abergel C, Claverie JM (2011) Breaking the 1000-gene barrier for Mimivirus using ultra-deep genome and transcriptome sequencing. Virol J.8 ;1:99,2011 Mar 4 - PMID:21375749

  15. Martini E, Borde V, Legendre M, Audic S, Regnault B, Soubigou G, Dujon B, Llorente B (2011) Genome-wide analysis of heteroduplex DNA in mismatch repair-deficient yeast cells reveals novel properties of meiotic recombination pathways. PLoS Genet.7 ;9:e1002305,2011 Sep  - PMID:21980306

  16. Legendre M, Audic S, Poirot O, Hingamp P, Seltzer V, Byrne D, Lartigue A, Lescot M, Bernadac A, Poulain J, Abergel C, Claverie JM (2010) mRNA deep sequencing reveals 75 new genes and a complex transcriptional landscape in Mimivirus. Genome Res.20 ;5:664-74,2010 May - PMID:20360389

  17. Gemayel R, Vinces MD, Legendre M, Verstrepen KJ (2010) Variable Tandem Repeats Accelerate Evolution of Coding and Regulatory Sequences. Annu Rev Genet.44 ;:445-77,2010 Aug - PMID:20809801

  18. Vinces MD, Legendre M*, Caldara M, Hagihara M, Verstrepen KJ (2009) Unstable tandem repeats in promoters confer transcriptional evolvability. Science.324 ;5931:1213-6,2009 May 29 - PMID:19478187

  19. Duftner N, Larkins-Ford J, Legendre M, Hofmann HA (2008) Efficacy of RNA amplification is dependent on sequence characteristics: implications for gene expression profiling using a cDNA microarray. Genomics.91 ;1:108-17,2008 Jan  - PMID:18006269

  20. Legendre M, Verstrepen KJ (2008) Using the SERV Applet to Detect Tandem Repeats in DNA Sequences and to Predict Their Variability Cold Srping Harbor Protocols ; 2008 ; doi:10.1101/pdb.ip50, 2008 Jan

  21. Legendre M, Pochet N, Pak T, Verstrepen KJ (2007) Sequence-based estimation of minisatellite and microsatellite repeat variability. Genome Res.17 ;12:1787-96,2007 Dec  - PMID:17978285

  22. Ritchie W, Legendre M, Gautheret D (2007) RNA stem-loops: to be or not to be cleaved by RNAse III. RNA.13 ;4:457-62,2007 Apr  - PMID:17299129

  23. Legendre M, Ritchie W, Lopez F, Gautheret D (2006) Differential repression of alternative transcripts: a screen for miRNA targets. PLoS Comput Biol.2 ;5:e43,2006 May  - PMID:16699595

  24. Lambert A, Legendre M, Fontaine JF, Gautheret D (2005) Computing expectation values for RNA motifs using discrete convolutions. BMC Bioinformatics.6 ;:118,2005  - PMID:15892887

  25. Legendre M, Lambert A, Gautheret D (2005) Profile-based detection of microRNA precursors in animal genomes. Bioinformatics.21 ;7:841-5,2005 Apr 1 - PMID:15509608

  26. Legendre M, Gautheret D (2004) Seeking RNA motifs in genomic sequences Handbook of RNA Biochemistry (Hartmann OK, Bindereif A, Schon A, Westhof E) Volume 2. Pages 577-594,2004 Jan

  27. Lambert A, Fontaine JF, Legendre M, Leclerc F, Permal E, Major F, Putzer H, Delfour O, Michot B, Gautheret D (2004) The ERPIN server: an interface to profile-based RNA motif identification. Nucleic Acids Res.32 ;Web Server issue:W160-5,2004 Jul 1 - PMID:15215371

  28. Legendre M, Gautheret D (2003) Sequence determinants in human polyadenylation site selection. BMC Genomics.4 ;1:7,2003 Feb 25 - PMID:12600277