Retrouvez les profils et publications de toute l’équipe du laboratoire.
Le groupe expérimental que je dirige, travaille à l’isolement de nouveaux membres des familles de virus géants déjà connues et à la découverte de nouvelles familles en prospectant des environnements exotiques et en utilisant d’autres hôtes qu’Acanthamoeba. Des études de génomiques, transcritomiques et protéomiques sont systématiquement réalisées afin d’étudier l’évolution des virus dont nous disposons, ainsi que les échanges possibles entre chacun des virus et leurs hôtes cellulaires. Dans ce contexte, il est nécessaire de coordonner nos efforts avec le groupe de bioinformaticiens du laboratoire. Nous développons également les outils analytiques nécessaires à l’étude de la physiologie de nos virus géants en combinant de la génétique, de la biologie structurale et de la biologie cellulaire avec de l’expression in vivo et de l’imagerie par microscopie électronique et à fluorescence
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Je participe à la remise en culture d’échantillons environnementaux dans le but d’isoler de nouveaux virus infectant A. castellanii et de les caractériser (profils protéique, extraction d’ADN, visualisation en coloration négative, analyse des cycles infectieux en microscopie optique (DAPI)).
Je suis également chargé de l’installation du modèle Paramecium au laboratoire (mise en culture et maintien des cellules).
Je développe et met en place des protocoles d’ouverture de nos virus géants qui permettrons de réaliser l’étude de l’organisation de l’ADN des Mimiviridae, d’identifier en conditions natives la présence d’activité enzymatiques dans les virions (endonucléases, RNAses, Méthylases…).
Des protocoles de défibrillation permettront également de caractériser les sucres composant les fibrilles des capsides des différents virus de la famille des Megaviridae dont nous disposons au laboratoire.
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Au sein du groupe expérimental du laboratoire je partage mon activité entre la biologie cellulaire/virologie et la microscopie électronique. Je participe à l’étude de l’origine et du devenir de l’ADN des virus géants au cours de leurs cycles infectieux ainsi qu’à celle des virophages qui parasitent les virus géants. Je gère et entretiens les stocks de virus pour notre usage et celui de collaborateurs français et internationaux. En parallèle de mon activité expérimentale, je suis l’assistant de prévention du laboratoire.
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Les Mimiviridae sont une famille de virus géants infectant des micro-organismes unicellulaires, les amibes. Mais l'histoire ne s'arrête pas la, ces virus géants sont eux même parasités par d'autres virus appelés virophages et ont la particularité d'être associés à des éléments mobiles d'ADN nommés transpovirons. J'étudie donc un système à 4 partenaires complexes combinant une cellule hôte eucaryote, un virus géant, un virophage et un transpoviron. Mon sujet de thèse porte sur l'étude des interactions entre ces entités par des approches multi-omiques. De plus, je m'intéresse à l'intégration, la diversité et l'évolution des transpovirons.
Mots clefs : Virus géants – Génomique – Transcriptomique – Protéomique – Métagénomique – Mobilome
I am a Uruguayan postdoctoral fellow which join the lab with the objective to advance in the molecular tractability of giant viruses. For that, we aim to apply the CRISPR/Cas9 technology in Acanthamoeba in order to modify the genome of several types of viruses.
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Ingénieure d'études en biochimie, je travaille à la caractérisation de protéines riches en cystéines de virus géant, incluant les métalloprotéines. La caractérisation de ces protéines est réalisée en utilisant des approches pluridisciplinaires combinant des études biochimiques, fonctionnelles et structurales"
BioSketch :
Jean-Michel Claverie is full professor of Genomics and Bioinformatics at the School of Medicine of Aix-Marseille University, director of the Mediterranean Institute of Microbiology, and head of the Structural and Genomic Information Laboratory, a unit of the French National Research Center (CNRS) that he founded in 1996.
He got his initial training both in biochemistry, computer science and theoretical particle physics at the University of Paris and combined his multidisciplinary education into a Doctorate (Dr. Sc.) on the subject of mathematical modeling of biological system in 1977. He then successively hold research positions at the Jacques Monod Institute (CNRS) in Paris, then at the Salk Institute in La Jolla, before creating in 1982 one of the first pre-Internet era computational biology laboratory at the Pasteur Institute (Paris) where he remained until 1990. He then returned to the USA, at the National Center for Biotechnology Information (NCBI, NLM-NIH, Bethesda) where he participated to the exciting beginning of the genomic era, as a NIH senior Fogarty scientist, until 1995. Before returning to France, he spent one year as director of bioinformatics at Incyte pharmaceuticals (Palo Alto).
Owing to his theoretical background, Jean-Michel Claverie worked on a wide range of topics ranging from the mathematical modeling of ultracentrifugation experiments, microbial and human genetics, cellular immunology, and more recently microbial genomics. Following the discovery and initial characterization of Mimivirus, the first "giant" virus in 2003, he then focused on the search for more giant and/or unconventional viruses in increasingly exotic environments. In the last ten years, his laboratory described four new families encompassing the largest known viruses in terms of particle and genome sizes : the Mega/Mimiviridae, the Pandoraviruses, Pithovirus and Mollivirus. The last two viruses were revived from 30,000 year-old Siberian permafrost, opening the field of "Paleovirology". While continuously searching for more ancient and/or exotic viruses, his laboratory is also involved in deciphering the biology and evolutionary origin of these giant viruses. The laboratory’s approaches include structural, molecular, and cellular biology, high throughput proteomics, genome and transcriptome sequencing, environmental sampling, large-scale comparative genomics and metagenomics, together with the development of relevant bioinformatics methods for sequence analysis and data mining.
Dr. Jean-Michel Claverie co-authored more than 220 scientific publications, as well as the best-seller book "Bioinformatics for Dummies". He was a member of the Board of reviewing editors of Science for 10 years (2002-2012). He was recipient of the CNRS Silver medal in 2003, and a Knight in the National Order of the Academic Palms (2016).
EDUCATION 1977 Dr. Sc. "Mathematical modelling and simulation of biological systems", Institut Jacques Monod, University Paris 7, France 1972 Master (DEA) in Biochemistry, University Paris 7, Paris, France 1973 Master (DEA) in Applied Computer Science, Univ. Paris 6, Paris, France 1974 Master (DEA) in Theoretical Physics, University Paris 6 & 7 & 11, Paris, France
CURRENT POSITION(S) 2004 – today Professor of Medicine (PU/PH), Biostatistics and Genomics, Aix-Marseille Univ. & APHM 2008 – today Head, Mediterranean Institute of Microbiology (CNRS-AMU), France 1995 – today Founder & head, Structural & Genomic Information Lab. (CNRS-AMU), Marseille, France
PREVIOUS POSITIONS 1996 – 2004 Senior CNRS researchers (Director level 1) 1990 – 1995 Senior Fogarty visiting Scientist, NCBI-National Institutes of Health, Bethesda, USA 1982 – 1992 Head of laboratory (Computational Biology), Institut Pasteur, Paris, France 1989 – 1990 Professor of Immunology, Rouen University, Rouen, France 1975 – 1995 CNRS researcher (from junior to director grade, with on leave periods when abroad)
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Je suis en charge de la sécurité des Systèmes d’Information.
Je suis postdoctorante en CDD et je fais partie de l'équipe expérimentale du projet ERC-VIREVOL. Mon activité vise à caractériser certains aspects structurels des virus géants, en utilisant la biologie cellulaire et moléculaire ainsi que la microscopie électronique.
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Mes centres d’intérêt principaux concernent l’évolution des organismes et des génomes ; et plus particulièrement l’évolution des virus géants et de leurs hôtes cellulaires, dont les trajectoires évolutives s’entrecroisent.
Mon travail de thèse s’articule en deux axes complémentaires :
Analyse génomique d’un virus en particulier, CeV, qui infecte une algue ; et comparaison avec les autres membres de sa famille pour étudier les modes d’évolutions de ces virus.
Analyse des séquences virales présentes dans les assemblages eucaryotes, afin de
étendre le spectre de séquences virales étudiées en s’affranchissant des restrictions dues aux méthodes classiques d’obtention de matériel génétique de virus (isolation de virions à partir d’hôtes cultivables, connus) tout en conservant les informations liées à leur écologie, en partie perdues lors d’analyses métagénomiques
mettre en évidence les processus par lesquels l’interaction des virus géants avec des cellules a mené à l’évolution du génome de ces dernières, et expliciter ces innovations génétiques.
Thèse soutenue le 7 novembre 2017:
Génomique des virus géants, des virophages, et échanges génétiques avec leurs hôtes eucaryotes
Discipline : Biologie
Spécialité : Génomique et Bioinformatique
jury :
Elisabeth Herniou Rapportrice
Marie-Agnès Petit Rapportrice
Gwenaël Piganeau Examinatrice
Christophe Robaglia Examinateur
Guillaume Blanc Co-directeur de thèse
Jean-Michel Claverie Co-directeur de thèse
I am a French Structural Biochemist. Following undergraduate studies at Aix-Marseille University, I obtained a PhD in Physics at Joseph Fourier University in Grenoble in 1998. In 1999, I joined the labs of Profs. John Tainer and Elizabeth Getzoff at the Scripps Research Institute La Jolla (USA) for my postdoctoral studies focused on structural biochemistry of metalloproteins. In 2008, I started my own lab as a tenure-track Assistant Professor in the Department of Chemistry and Biochemistry at the University of Maryland Baltimore County (USA), and was promoted to Associate Professor with tenure in 2015. I have spent most of my scientific career in the United States with a focus on structural and functional characterizations of metalloproteins. From August 2018 to July 2019, I had the opportunity to join the Laboratoire d’Information Génomique et Structurale (IGS) led by Dr. Chantal Abergel as a Visiting Scientist, applying my expertise to the lab’s study of giant viruses. In 2019, I obtained an A*MIDEX Chaire d’Excellence for three years and I am currently a Professor at Aix-Marseille University where I teach Biochemistry. Finally, I lead a small team to study new metabolic pathways in giant viruses at the IGS where my expertise in structural biology, metalloproteins, and protein-nucleic acid interactions complements the laboratory savoir-faire.
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Je travaille sur le projet ERC VIREVOL du laboratoire qui a pour but de percer les secrets des virus géants. Je partage mon activité entre biologie moléculaire, biologie cellulaire, virologie, biochimie et microscopie électronique.
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Je m’associe à la démarche du laboratoire afin d’avancer dans la compréhension des virus géants et des mécanismes qu’ils utilisent pour prendre le contrôle de la cellule hôte.
Je suis plus particulièrement impliquée dans :
l’étude des Marseilleviridae et leur niveau de dépendance au noyau cellulaire
la caractérisation du virophage et l’étude de la relation hôte/virus/virophage
l’étude de la méthylation de l’ADN chez les virus géants
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Mes activités à l’IGS s’articulent à l’interface entre la biologie cellulaire et la biochimie des protéines.
Je travaille sur des gènes sélectionnés pour leur intérêt fondamental ou appliqué et produit les protéines correspondantes dans la bactérie, afin d’en résoudre les structures 3D et les caractériser biochimiquement. Je produis également ces protéines dans les cellules Acanthamoeba afin d’étudier leurs fonctions dans la cellule infectée au cours du cycle infectieux. Je développe et met en place les protocoles adaptés à l’analyse de leur fonction moléculaire et cellulaire (radioactivité, pull-down, thermal shift…).
Je participe également à la remise en culture d’échantillons environnementaux dans le but d’isoler de nouveaux membres des familles de virus dont nous disposons au laboratoire et d’identifier de nouveaux virus qui pourraient correspondre à de nouvelles familles.
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Pr Leandri obtained Ph.D. degrees in mechanics in 1993 and Dr. Sc (HDR) “Undersea Robotics” from Institut National Polytechnique of Toulouse in 1999. During 1987-2000, he was head of research group in undersea vehicles and undersea robotics for French Navy at “Centre Technique des Systèmes Navals” (French MOD). Since 2000, he is full professor at engineer school “Institut Supérieur des Ingénieurs de Toulon et du Var” (University of Toulon). His main interest lies in the area of undersea robotics systems for water and sediments sampling and undersea mechatronics systems. He leads the studies and developments of many undersea systems :
Supercavitation vehicle
Lightweight glider (world record of lowest angle of fly in 2006)
Autonomous vehicle and undersea weapon F17-mod2 and ASMX
SSBN “Triomphant” and SSN “Amethyste” weapons systems
Ma thématique principale de recherche tourne autour des virus géants, de leur histoire évolutive, de leur contenu et régulation génique, ainsi que des interactions avec leur hôte cellulaire.
D’où viennent ces virus étranges ?
Pourquoi leurs génomes sont-ils si complexes ?
Comment leurs multiples gènes sont-ils exprimés au cours du cycle infectieux ?
Voici les grandes questions auxquelles je tente de répondre.
Pour étudier ces virus je m’appuie sur des méthodes d’analyse bioinformatique des données de séquençage à haut débit (dites NGS). Un large panel de données "omique" et de méthodes d’analyse me permettent d’aborder l’étude de ces virus :
La génomique (assemblage, annotation) donne accès aux séquences complètes des génomes viraux
La génomique comparative et les méthodes d’analyse et de reconstruction phylogénique donnent des indices sur leur trajectoire évolutive
L’analyse des profils d’expression de leurs gènes et des éléments qui contrôlent leur régulation
au niveau du transcriptome par RNA-seq
au niveau du protéome par spectrométrie de masse
Les modifications épigénétiques globales de l’ADN (la méthylation notamment).
L’analyse et l’intégration de ces nombreuses données me permettent d’interagir avec les expérimentalistes du laboratoire et d’élaborer ensemble des hypothèses sur la biologie de ces virus.
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Microbiologie, Biologie Cellulaire, Biologie moléculaire, Microscopie.
Projet de recherche : Mécanismes d’infection des virus géants.
Enseignement : Enseignant chercheur (section 67). Campus Aix-Montperrin et Luminy.
I obtained my PhD in structural virology at the Institute of Virology, Hannover Medical School, Germany. Currently, I am a Postdoctoral researcher in the AMIDEX team led by Prof. Elsa Garcin. Our research focuses on structural Biochemistry of novel metabolic pathways in the Giant viruses. To this end, we use structural methods such as X-ray crystallography and electron microscopy do determine protein structures at atomic resolution. Structural studies are complemented with functional studies to establish protein structure-function relationships.
Publications:
Piacente F, De Castro C, Jeudy S, Gaglianone M, Laugieri ME, Notaro A, Salis A, Damonte G, Abergel C, Tonetti MG (2017) The rare sugar N-acetylated viosamine is a major component of mimivirus fibers. J Biol Chem. ; :,2017 Mar 17 - PMID:28314774
I have completed my Ph.D. in structural biology from Bharathiar University, India. At present, I am a postdoctoral fellow working on the membrane and soluble protein structural studies of giant viruses. we are using structural methods of X-ray crystallography and Cryo-electron microscopy.
L’un des défis majeurs de notre projet de caractérisation détaillée des cycles viraux reste la mise au point de techniques de manipulations génétiques. Je suis chargée de développer le système CRISPR/Cas9 chez Acanthamoeba castellanii, ce qui nous permettra de réaliser la mutagénèse de l’amibe et des virus qui l’infectent.
Pour cela, je mets au point des outils permettant de produire une protéine de type Cas9 (SpCas9, Cpf1, C2c2, SaCas9…) de façon constitutive ou inductible chez l’amibe, et d’exprimer dans la cellule des ARN guides ciblant des gènes d’intérêt que nous souhaitons muter (transfection directe d’ARN ou de vecteurs d’expression).
Je participe aussi à la recherche de nouvelles familles de virus géants avec de nouveaux hôtes (Acanthamoeba environnementales, Dictyostelium discoideum, Paramecium tetraurelia dont les génomes sont connus et qui sont génétiquement modifiables). J’ai implémenté le système Dictyostelium discoideum au laboratoire.
Je contribue également à la remise en culture d’échantillons environnementaux d’origines diverses, dans le but d’isoler de nouveaux virus géants qui viendront étoffer nos connaissances.
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Sujets:
-Participation aux multiples activités bioinformatiques du laboratoire, en support de la recherche comme de la plate-forme France-Génomique PACA-Bioinfo
-Développement d’outils interactifs (en PHP, Perl, Java, C, HTML, SQL) d’exploitation de banques de données génomiques (Blast, lookfor, package Emboss), de fouille de données métagénomiques (Seqtinizer).
-Responsable de la mise à jour du site Web (extranet, intranet, Wiki) du laboratoire
-Exploitation de données de protéomique
-Participation à la gestion du parc matériel et logiciel du laboratoire
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Ma thèse à l'IGS porte sur l'étude des Pithoviridae. Les Pithoviridae sont une famille de virus géants qui branche avec les Marseilleviridae et les Asco-Iridoviridae et dont le premier représentant découvert en 2014 à été Pithovirus sibericum, reactivé à partir d'un échantillon de pergélisol vieux de 30 000 ans. La famille compte aujourd'hui plusieurs membres répartis entre les Pithovirus, Cedratvirus et Orpheovirus plus divergent.
Je fais essentiellement de la génomique comparative, de la phylogénie et de la métagénomique. Ma thèse comporte aussi une composante de biologie expérimentale.
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Bioinformatique ; génomique ; assemblage ; analyse de séquences et de génomes ; responsable ressources HPC ; Administration phylogeny.fr et de différents serveurs de la plate-forme ; correspondant formation.
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Analyse biostatistique des données "omiques" (RNA-seq et spectroscopie de masse) des cinétiques d’infection des virus géants.
Ingénieur de recherche spécialisé en science des données, je participe aux projets du laboratoire dans l'analyse de données structurales (traitement d'image, cryo-EM, modelisation 3D) et la bioinformatique (analyses phylogénétiques, recherche de promoteurs, co-occurence de gènes).
I have completed my doctoral studies from IIT Bombay, Mumbai India. I have joined the IGS lab as a post doctorate researcher and I am working to elucidate the genome encapsidation mechanism in giant viruses. My work includes protein interaction studies and structural and functional characterization of the components involved in genome packaging.
Ingénieur d'étude, je fais partie de l'équipe expérimentale du projet ERC-VIREVOL. Mon travail est partagé entre la biologie cellulaire et la biochimie des protéines.
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Mon projet de thèse, en collaboration avec l’Unité de Bioénergétique et Ingénierie des Protéines, consiste à étudier la diatomée d’eau douce Asterionella formosa par des approches de génomique (séquençage de novo, méta-génomique, génomique comparative). Nous nous intéressons particulièrement aux interactions qui ont lieu entre la diatomée et les bactéries présentes en co-culture. Mieux comprendre ces échanges et identifier le rôle de chaque bactérie dans la communauté permettrait de renforcer les associations favorables et d’optimiser la croissance de l’algue, ou sa capacité à stocker des lipides (dans l’optique d’une production de bio-carburant par exemple).
Mon Projet de thèse consiste à étudier des protéines de virus géants riches en cystéines, dont les fonctions sont inconnues. Pour cela je les exprime dans la bactérie afin de les caractériser biochimiquement et en résoudre la structure 3D. De plus, j'étudie leur expression dans Acanthamoeba afin d’observer leur localisation dans un contexte infectieux, toujours dans le but d'élucider leur fonction.
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