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"Les sols gelés, la cachette d’une grande diversité de virus géants", actualité à lire sur le site de l'INSB le 10 oct 2022

Découverts il y a une vingtaine d’années, les virus géants se sont révélés particulièrement abondants dans les milieux aquatiques, notamment marins. La génomique environnementale les répertoriait toutefois difficilement dans les environnements plus riches et complexes comme le sol. Une étude publiée dans la revue Nature Communications lève le voile sur leur grande diversité et leur abondance dans le pergélisol. Ces analyses ont permis de reconstituer des séquences génomiques complètes de virus géants enfouis dans le sol gelé datant de 42 000 ans.

Communiqué de presse du CNRS du 6 sept 2022 : "La structure du chromosome de mimivirus à 3.7 Å révèle un paradoxe évolutif"

Mimivirus est le premier virus géant de la famille des Mimiviridae. Avec un génome ADN de 1.2 million de paires de bases codant pour ~1000 protéines, mimivirus a révolutionné la perception traditionnelle des virus et inspiré de nouvelles hypothèses sur leur évolution en lien avec celle du monde cellulaire. Ces travaux, publiés dans la revue eLife, présentent l’organisation du génome de mimivirus au sein de la particule virale. Cette structure est étonnamment constituée par l’empilement hélicoïdal d’une enzyme (une oxydoréductase) sans lien fonctionnel connu avec l’ADN.

"Le pergélisol arctique est un réservoir de gènes de résistance à certains antibiotiques", communiqué de presse AMU du 21 juin 2022

Le changement climatique global est particulièrement sensible en Arctique qui se réchauffe deux fois plus vite que les régions tempérées, entrainant la fonte du pergélisol, le sol gelé en permanence qui constitue 90 % de la Sibérie. Cette fonte réactive les populations microbiennes qui pourraient contribuer à l’émission de gaz à effet de serre et à une possible résurgence périodique de zoonoses. Dans ces travaux publiés dans la revue microLife, une équipe internationale, menée au niveau français par des chercheurs et chercheuses du laboratoire Information génomique et structurale (CNRS/Aix-Marseille Université), montre qu’elles constituent également un énorme réservoir de gènes de résistance aux antibiotiques , particulièrement les béta-lactamases.

"Sous le sol gelé de Sibérie, des virus géants et des bactéries résistantes"

Après la découverte de nouveaux virus, des chercheurs ont trouvé des bactéries résistantes aux antibiotiques dans le sol gelé de Sibérie. Faut-il craindre leur diffusion à l’heure où la fonte du permafrost s’accélère à cause du réchauffement climatique ? On a tenté d’y voir plus clair dans le cadre de notre opération mensuelle #SauverLePrésent, en partenariat avec France Culture, Le Parisien et Sciences & Vie Junior.

FEMSmicroBlog: Giant viruses between bacteria and eukaryotes, 19-04-2022

Giant viruses belonging to the Megavirinae subfamily have capsids with extending glycans. These hair-like structures play major roles in the infection process since amoeba recognize the “sweet taste” similar to saccharides on bacterial surfaces. The study Giant viruses of the Megavirinae subfamily possess biosynthetic pathways to produce rare bacterial-like sugars in a clade-specific manner in microLife reveals that the saccharide composition of these co-called fibrils is highly variable and depends on the clade the virus belongs to. Anna Notaro, Cristina De Castro and Chantal Abergel explain for the #FEMSmicroBlog how novel virally encoded machineries synthesize these saccharides.

FEMSmicroBlog: Finding antibiotic resistance genes in the arctic permafrost, 11-04-2022

Global climate change is particularly noticeable in the Arctic since it is warming twice as fast as temperate regions. The permanently frozen ground makes up 90% of Siberia so that the melting of permafrost reactivates microbial populations that contribute to the emission of greenhouse gases and the periodic resurgence of zoonotic diseases. In this work, published in the journal microLife, an international team shows that these permafrost microbes also constitute an enormous reservoir of antibiotic resistance genes.

"Risques sanitaires liés au réchauffement de l'Arctique : fantasmes et réalités", Jean-Michel Claverie et Chantal Abergel dans A3 Magazine / Rayonnement du CNRS N77 - Automne 2021

Résumé : Le réchauffement climatique est clairement associé à l'émergence de nouveaux risques sanitaires, l'augmentation des températures autorisant la migration vers les régions tempérées d'Europe de vecteurs de maladies infectieuses jusqu'ici confinées aux régions tropicales. Une autre menace pourrait également venir du Nord, où les nombreux microbes stockés depuis des milliers d'années dans les sols de l'Arctique sibérien seront ranis en circulation à l'occasion de leur dégel de plus en plus profond, ou des multiples activités minières qui y sont projetées. Ce scénario de science-fiction a été promu au rang de possibilités après que nous ayons réussi à réactiver plusieurs virus isolés à partir de pergélisol datant de 30 000 ans. Nous racontons ici les circonstances de cette découverte, avant de discuter des précautions à prendre pour minimiser les risques de pandémies venues du froid.

"On thin ice" primé au festival du film scientifique de Prague (18-21 Oct, 2021)

Le film documentaire "On thin ice", dans lequel nos travaux sur les virus du pergélisol sibérien sont présentés, a reçu le prix international du festival du film scientifique de Prague (PSFF, 18-21 Août, 2021). Ce film a été écrit par Henry M. Mix, codirigé par Boas Schwarz et Henry M. Mix, et produit par Altayfilm GmbH.

"An appeal for an objective, open, and transparent scientific debate about the origin of SARS-CoV-2", The Lancet, 17 sept 2021

On July 5, 2021, a Correspondence was published in The Lancet called “Science, not speculation, is essential to determine how SARS-CoV-2 reached humans”.1 The letter recapitulates the arguments of an earlier letter (published in February, 2020) by the same authors,2 which claimed overwhelming support for the hypothesis that the novel coronavirus causing the COVID-19 pandemic originated in wildlife. The authors associated any alternative view with conspiracy theories by stating: “We stand together to strongly condemn conspiracy theories suggesting that COVID-19 does not have a natural origin”. The statement has imparted a silencing effect on the wider scientific debate, including among science journalists.3 The 2021 letter did not repeat the proposition that scientists open to alternative hypotheses were conspiracy theorists, but did state: “We believe the strongest clue from new, credible, and peer-reviewed evidence in the scientific literature is that the virus evolved in nature, while suggestions of a laboratory leak source of the pandemic remain without scientifically validated evidence that directly supports it in peer-reviewed scientific journals”. In fact, this argument could literally be reversed. As will be shown below, there is no direct support for the natural origin of SARS-CoV-2, and a laboratory-related accident is plausible.
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"Les sols gelés, la cachette d’une grande diversité de virus géants", actualité à lire sur le site de l'INSB le 10 oct 2022

Découverts il y a une vingtaine d’années, les virus géants se sont révélés particulièrement abondants dans les milieux aquatiques, notamment marins. La génomique environnementale les répertoriait toutefois difficilement dans les environnements plus riches et complexes comme le sol. Une étude publiée dans la revue Nature Communications lève le voile sur leur grande diversité et leur abondance dans le pergélisol. Ces analyses ont permis de reconstituer des séquences génomiques complètes de virus géants enfouis dans le sol gelé datant de 42 000 ans.

Communiqué de presse du CNRS du 6 sept 2022 : "La structure du chromosome de mimivirus à 3.7 Å révèle un paradoxe évolutif"

Mimivirus est le premier virus géant de la famille des Mimiviridae. Avec un génome ADN de 1.2 million de paires de bases codant pour ~1000 protéines, mimivirus a révolutionné la perception traditionnelle des virus et inspiré de nouvelles hypothèses sur leur évolution en lien avec celle du monde cellulaire. Ces travaux, publiés dans la revue eLife, présentent l’organisation du génome de mimivirus au sein de la particule virale. Cette structure est étonnamment constituée par l’empilement hélicoïdal d’une enzyme (une oxydoréductase) sans lien fonctionnel connu avec l’ADN.

"Le pergélisol arctique est un réservoir de gènes de résistance à certains antibiotiques", communiqué de presse AMU du 21 juin 2022

Le changement climatique global est particulièrement sensible en Arctique qui se réchauffe deux fois plus vite que les régions tempérées, entrainant la fonte du pergélisol, le sol gelé en permanence qui constitue 90 % de la Sibérie. Cette fonte réactive les populations microbiennes qui pourraient contribuer à l’émission de gaz à effet de serre et à une possible résurgence périodique de zoonoses. Dans ces travaux publiés dans la revue microLife, une équipe internationale, menée au niveau français par des chercheurs et chercheuses du laboratoire Information génomique et structurale (CNRS/Aix-Marseille Université), montre qu’elles constituent également un énorme réservoir de gènes de résistance aux antibiotiques , particulièrement les béta-lactamases.

"Sous le sol gelé de Sibérie, des virus géants et des bactéries résistantes"

Après la découverte de nouveaux virus, des chercheurs ont trouvé des bactéries résistantes aux antibiotiques dans le sol gelé de Sibérie. Faut-il craindre leur diffusion à l’heure où la fonte du permafrost s’accélère à cause du réchauffement climatique ? On a tenté d’y voir plus clair dans le cadre de notre opération mensuelle #SauverLePrésent, en partenariat avec France Culture, Le Parisien et Sciences & Vie Junior.

FEMSmicroBlog: Giant viruses between bacteria and eukaryotes, 19-04-2022

Giant viruses belonging to the Megavirinae subfamily have capsids with extending glycans. These hair-like structures play major roles in the infection process since amoeba recognize the “sweet taste” similar to saccharides on bacterial surfaces. The study Giant viruses of the Megavirinae subfamily possess biosynthetic pathways to produce rare bacterial-like sugars in a clade-specific manner in microLife reveals that the saccharide composition of these co-called fibrils is highly variable and depends on the clade the virus belongs to. Anna Notaro, Cristina De Castro and Chantal Abergel explain for the #FEMSmicroBlog how novel virally encoded machineries synthesize these saccharides.

FEMSmicroBlog: Finding antibiotic resistance genes in the arctic permafrost, 11-04-2022

Global climate change is particularly noticeable in the Arctic since it is warming twice as fast as temperate regions. The permanently frozen ground makes up 90% of Siberia so that the melting of permafrost reactivates microbial populations that contribute to the emission of greenhouse gases and the periodic resurgence of zoonotic diseases. In this work, published in the journal microLife, an international team shows that these permafrost microbes also constitute an enormous reservoir of antibiotic resistance genes.

"Risques sanitaires liés au réchauffement de l'Arctique : fantasmes et réalités", Jean-Michel Claverie et Chantal Abergel dans A3 Magazine / Rayonnement du CNRS N77 - Automne 2021

Résumé : Le réchauffement climatique est clairement associé à l'émergence de nouveaux risques sanitaires, l'augmentation des températures autorisant la migration vers les régions tempérées d'Europe de vecteurs de maladies infectieuses jusqu'ici confinées aux régions tropicales. Une autre menace pourrait également venir du Nord, où les nombreux microbes stockés depuis des milliers d'années dans les sols de l'Arctique sibérien seront ranis en circulation à l'occasion de leur dégel de plus en plus profond, ou des multiples activités minières qui y sont projetées. Ce scénario de science-fiction a été promu au rang de possibilités après que nous ayons réussi à réactiver plusieurs virus isolés à partir de pergélisol datant de 30 000 ans. Nous racontons ici les circonstances de cette découverte, avant de discuter des précautions à prendre pour minimiser les risques de pandémies venues du froid.

"On thin ice" primé au festival du film scientifique de Prague (18-21 Oct, 2021)

Le film documentaire "On thin ice", dans lequel nos travaux sur les virus du pergélisol sibérien sont présentés, a reçu le prix international du festival du film scientifique de Prague (PSFF, 18-21 Août, 2021). Ce film a été écrit par Henry M. Mix, codirigé par Boas Schwarz et Henry M. Mix, et produit par Altayfilm GmbH.

"An appeal for an objective, open, and transparent scientific debate about the origin of SARS-CoV-2", The Lancet, 17 sept 2021

On July 5, 2021, a Correspondence was published in The Lancet called “Science, not speculation, is essential to determine how SARS-CoV-2 reached humans”.1 The letter recapitulates the arguments of an earlier letter (published in February, 2020) by the same authors,2 which claimed overwhelming support for the hypothesis that the novel coronavirus causing the COVID-19 pandemic originated in wildlife. The authors associated any alternative view with conspiracy theories by stating: “We stand together to strongly condemn conspiracy theories suggesting that COVID-19 does not have a natural origin”. The statement has imparted a silencing effect on the wider scientific debate, including among science journalists.3 The 2021 letter did not repeat the proposition that scientists open to alternative hypotheses were conspiracy theorists, but did state: “We believe the strongest clue from new, credible, and peer-reviewed evidence in the scientific literature is that the virus evolved in nature, while suggestions of a laboratory leak source of the pandemic remain without scientifically validated evidence that directly supports it in peer-reviewed scientific journals”. In fact, this argument could literally be reversed. As will be shown below, there is no direct support for the natural origin of SARS-CoV-2, and a laboratory-related accident is plausible.

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