Il y a 18 ans déjà, la description du site Phylogeny.fr proposant un ensemble
complet d’analyses phylogénétiques conçu pour les non-spécialistes était publié
dans Nucleic Acids Research [1]. Cet article a récemment franchi la barre symbolique
de 4000 citations (Web of Science).
Initialement issu d’une étroite collaboration entre chercheurs et ingénieurs du
laboratoire Information Génomique et Structurale (IGS) et du Laboratoire
d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), ce
service en accès public et gratuit propose depuis 2008, une suite de d’outils
interactifs donnant à des biologistes non-spécialistes la possibilité d’effectuer sur les
séquences de leur choix un éventail d’analyses phylogénétique (arbres) basées sur
des méthodes éprouvées, sans aucune installation logicielle préalable. Il est
accessible à partir de la plateforme PACA-Bioinfo.
Régulièrement actualisé et modernisé, Phylogeny.fr a rendu service à des dizaines
de milliers d’équipes à travers le monde, aussi bien pour leurs recherches que dans
le cadre de multiples enseignements universitaires.
Loin de s’amenuiser, la fréquentation de cette plateforme (dont nous avons préservé
l’ouverture publique et la gratuité totale malgré l’absence d’un financement
récurrent), ne faiblit pas, nous forçant à la moderniser sans cesse pour absorber un
flux toujours croissant d’utilisateurs (une moyenne de 30.000 jobs chaque mois). Une
toute nouvelle version profondément remaniée est déjà en service et sera décrite
dans une prochaine publication[2].
1- Dereeper A, Guignon V, Blanc G, Audic S, Buffet S, Chevenet F, Dufayard JF, Guindon S,
Lefort V, Lescot M, Claverie JM, Gascuel O. 2008. Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis
for the non-specialist. Nucleic Acids Res. 36(Web Server issue):W465-9.
doi: 10.1093/nar/gkn180.
2- Gorgodian V, Poirot O, Schmitt A, Collomb V, Claverie J-M, Abergel C, Legendre M, Santini S
(2026). Phylogeny.fr: the phylogenetic platform designed for non-specialists. Methods Mol.
Biol. (sous presse) (https://arxiv.org/abs/2608.01960v1)